RNA pull-down做WB结果不稳定

可能样品中的互作蛋白表达量很低或样品中存在杂蛋白。

最大的可能性就是rna链中存在交叉结合的碱基，可以更换特异性强的引物

对于RNA pull-down实验，出现反义链和正义链都结合的情况，可能是由于以下原因造成的：

RNA probe设计的问题：可能RNA probe的设计不够特异，存在交叉反应。此时可以重新设计probe，确保其特异性。

绑定条件不合适：可能RNA probe的绑定条件不够严格，导致了非特异性的结合。可以考虑增加绑定缓冲液的含盐量、调整温度和时间等条件，提高绑定的特异性。

绑定实验中存在干扰物：可能存在其他干扰物干扰了RNA probe的结合，如其他非特异性的RNA分子。可以尝试加入RNA酶来消除干扰物的影响。

WB检测条件不合适：可能WB检测条件存在问题，导致检测结果不稳定。可以考虑优化WB检测条件，如优化抗体浓度、缓冲液组成、膜的转移时间等条件。

另外，建议在实验过程中使用合适的阳性和阴性对照，以确保实验结果的准确性和可靠性。如果问题仍然存在，可以考虑尝试其他相关的实验方法进行检测和验证。