为什么同样的序列，荧光标记不同，定量值差异那么大呢？

同样的序列，不同的荧光标记，两组实验的定量值相差一倍，其中高定量值那组的微滴出现明暗不均的现象，将较暗那层微滴列为阴性微滴后，两组定量值相近，那么较暗那层微滴到底是污染还是其他原因呢？