怎么扩增不知道序列全长的基因的全长？

a菌和b菌内都有两个相同的基因，a菌这两个基因全长序列在ncbi可以查到，b菌的这两个基因全长目前还没有人发表出来，a菌和b菌的其中一个基因的序列相似，另外一个差异较大。

我应该怎么设计b菌的这两个基因的引物，扩增全长，从而测序获取b菌体内这两个基因的序列呢？