请问摇菌后pcr基因鉴定，出现的条带比目的条带短，并且不止一次是怎么回事？

可能有几个原因：

1. 引物设计问题：检查所使用的引物序列是否正确，并确保引物序列与目标基因序列匹配。如果引物序列存在错误或与目标序列不匹配，可能会导致扩增产物大小不符合预期。

2. PCR条件优化：优化PCR反应条件，包括温度梯度、延伸时间和循环数等，可以尝试不同的温度梯度或延伸时间来优化PCR反应，以获得更准确的扩增产物大小。

3. DNA模板质量和浓度：确保所使用的DNA模板质量良好，并且在PCR反应中使用适当的浓度。如果DNA模板质量较差或浓度过高，可能会导致非特异性扩增或产物大小异常。

4. DNA片段解析和凝胶电泳条件：检查DNA片段解析步骤，确保充分消化目标DNA片段，并使用正确的酶和反应条件。在凝胶电泳过程中，确保电泳缓冲液的配制和电泳条件的设置正确，以获得准确的条带大小。

5. 引物特异性和非特异性扩增：如果条带大小始终比预期小，可能存在非特异性扩增。这可能是由于引物的非特异性结合导致的，可能需要重新设计引物或优化PCR条件。

在胶上看，大小差不多即可，可以通过测序比对序列看结果是否正确

600多bp和500多bp在跑胶图上看起来差别不大，你可以试试测序