dxy_upw1vser
请友友们指教,我做重叠延伸pcr同时连接三个片段,我分成两步,第一步,三个片段以1:1:1的摩尔比做模板,50微升体系,不加引物,然后按照pcr的程序跑,设8-10个循环
第二步,往上一步的pcr管中加入上下游引物各1微升,然后继续pcr,最终是连上了,但是浓度低。第二步的时候我更改了下退火温度和延伸时间,我理解的是,在第一步结束之后,模板量会增加到200纳克以上,所以我延长了延伸时间,然后我的引物因为添加了酶切位点,Tm值较高,所以第二步反应时我提高了退火温度,请问我的体系和程序是否有什么问题?为啥浓度会低呢?有什么解决办法吗?
loveliufudan
有几个可能导致浓度低的原因和解决办法:
1. 模板浓度问题:你在第一步PCR中使用三个片段以相等的摩尔比例作为模板,但没有加入引物。由于没有引物的引导,可能只有部分模板成功扩增。这可能导致模板浓度较低,从而影响下一步PCR的效果。解决办法是在第一步PCR中添加引物,使得每个片段都能够扩增。
2. 引物选择和浓度问题:你在第二步PCR中添加了上下游引物,但提到引物含有酶切位点,同时Tm值较高。高Tm值的引物可能导致退火效率降低,引物与模板结合的效果较差。解决办法是重新选择引物,确保引物的Tm值适当,并且引物不包含酶切位点。
3. PCR条件优化问题:你提到在第二步PCR中更改了退火温度和延伸时间。这可能对特定引物和目标片段的扩增效果产生影响。建议进行PCR条件优化,包括优化退火温度、延伸时间和引物浓度,以获得更好的扩增效果。
4. 操作技术问题:确保在PCR操作过程中使用无菌技术,避免污染。同时,注意PCR反应的混匀和温度控制,以确保反应均匀进行。
5. 考虑其他因素:除了上述因素外,还需要考虑其他潜在影响浓度的因素,如片段的长度、引物的特异性和PCR反应的最优化条件。
总之,为了解决浓度低的问题,建议重新优化PCR条件,包括引物选择、引物浓度、PCR程序和反应条件。另外,确保使用合适的模板浓度和引物添加,在PCR过程中保持无菌操作。如有需要,可以进一步调整实验步骤和条件,以获得理想的浓度和扩增结果。
毛利小五郎的徒弟
退火温度不要提太高,虽然添加了酶切位点,退火温度太高还会影响浓度的
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