qpcr设计引物时，有多个转录本怎么选择啊？是要都设计嘛？

转录本的选择重要在于，不同转录本可能会有组织表达差异，比如A转录本在心肌细胞优势表达，但在血细胞中是B转录本的优势表达，那么如果我们做的是血细胞的qpcr，选择A转录本就会得到表达量低这个不是很正确的结论。此外不同转录本可能存在较大的功能差异。

在不清楚优势转录本是哪一个的情况下，建议选择两对引物都订，一起跑，选择跑出来表达量较高的那一对，认为覆盖到了优势转录本。

可以选择几个具有代表性的转录本，有重复序列的可以选择一个

检测基因表达量的芯片一般针对某个基因的的所有转录本设计探针，经过对每个探针信号的算法，得到整个基因的表达量。

在设计引物进行定量PCR（qPCR）时，如果目标基因存在多个转录本，您可以选择以下策略之一：

1. 选择共享区域：鉴于多个转录本通常在共享区域具有相似的序列，您可以选择在这些转录本共享的区域设计引物。这样设计的引物可以同时扩增多个转录本，并对它们的表达量进行整体测量。

2. 针对不同转录本设计引物：如果您有兴趣特定转录本的表达情况，可以针对不同转录本设计不同的引物。这样可以获得每个转录本的独立表达量数据。

选择具体的策略应根据您的研究目的和实验需求进行决定。如果您希望获得全部转录本的表达量信息，那么需要为每个转录本设计引物。但是，如果转录本之间的差异不是您关注的重点，那么在共享区域设计引物可能会更加简单和高效。

此外，无论您选择哪种策略，都需要进行验证和优化，确保引物的特异性和效率。您可以使用合适的阳性对照和负性对照来验证引物的选择，并进行引物浓度梯度等优化实验。