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请问引物序列在NCBI blast后的结果如何解读?

相关实验:PCR 引物设计及评价实验

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芒果遇上梨

如图中所示,输入引物序列后,查询到该引物在模板DNA上匹配到的位置范围,而这个范围内的碱基是合引物序列互补呢?还是与引物序列一致?如果是互补,按照DNA从5'到3'端合成的原则,前向引物对应的模板应该是3'到5'端 所以应该是1139到1119,而不是图中的1119到1139(5'到3'端);如果是序列一致,而后向引物对应的模板应该是5'端到3'端 所以应该是1281到1301,而不是1301到1281(5'端到3'端)

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3 个回答

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毛利小五郎的徒弟

有帮助

如果是序列一致,而后向引物对应的模板应该是5'端到3'端也就是1281到1301

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juyue2010

有帮助

显示的是引物序列,都是5’到3’序列

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loveliufudan

有帮助

NCBI BLAST会根据输入的引物序列,在目标数据库中搜索与之匹配的模板序列。输出结果中,包含了引物匹配到模板上的位置范围。这些位置范围中的碱基序列是与引物序列互补的,而非与其相同。

在这个结果中,Forward primer 1 匹配到了模板的 1139 到 1119 的位置范围,而 Reverse primer 1 匹配到了模板的 1301 到 1281 的位置范围。这些位置范围中的碱基序列是与引物序列互补的,而非与其相同。这意味着 Forward primer 1 对应的模板序列应该是从 3' 到 5' 的方向,而 Reverse primer 1 对应的模板序列应该是从 5' 到 3' 的方向。

因此,你所提出的推断是正确的。Forward primer 1 对应的模板应该是从 1139 到 1119,而 Reverse primer 1 对应的模板应该是从 1281 到 1301。

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