hgfz
检测某个基因的mRNA在病例组和正常人中的表达差异,查的时候看到两种计算方式,第一种就是把对照组所有样本的ΔCt求个均值,然后每个样本的Δct减去这个均值得到ΔΔct。
第二种是看到直接用Δct拿去计算2的-Δct次方然后做统计学分析,请问两种方式都可以吗?如果是第二种当时的话应该用什么统计学方法呢?
bamboopiggy
秋秋欣欣
一般都是第二种,spss统计。
Eason老歌迷
两种都可以用。我比较喜欢第二种,一般我们都假设扩增效率为1,也就是每个循环增加一倍。即:PCR扩增产物量=起始模板量×(1+e)^Ct;由于这里把e默认为1;则,PCR扩增产物量=起始模板量×2^Ct;则,起始模板量=PCR扩增产物量/(2^Ct);即,起始模板量=PCR扩增产物量×2^(-Ct)。当PCR扩增产物量达到同一水平时对应的Ct值不同,其原因在于起始模板量不同;而当样本和内参基因的PCR扩增产物量相同时,如果要算出它们对应起始模板量的比值差,就需要进行除法计算;由,待检基因模板量=PCR扩增产物量×2^(-Ct待检);内参基因模板量=PCR扩增产物量×2^(-Ct内参);则,R=待检基因模板量/内参基因模板量=PCR扩增产物量×2^(-Ct待检)/PCR扩增产物量×2^(-Ct内参);则,R=2^((-Ct待检)-(-Ct内参))=2^(-△Ct)故,到这里还没有结束,如果直接拿这个比值R作图,最后的结果就是层次不齐,而且是错误的,因为此时实验组和对照组不具有可比性。因为这里的R值仅仅是每个待检样本与对应内参基因的比值差。那如何考虑这个问题呢?很简单,对上面推导得到的所有样本和control组的2^(-△Ct),均除以control组的2^(-△Ct),即可得到2^(-△△Ct)。
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