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求助|茎环法miRNA做RT-PCR内参和目的基因CT值差距大

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diana点啊

楼主用茎环法做miRNA的RT-qPCR,U6做内参。

逆转录的时候,如果miRNA的茎环逆转录引物和U6的后引物1:1的话,做PCR的时候miRNA和U6的CT值分别在30和10左右,差距过大;

后来楼主逆转录的时候把逆转录引物调成1.9:0.1,做PCR时miRNA和U6的CT值还是在28.29和15.16左右;

后来楼主又把引物比例调成了2:0,直接没加U6的逆转录引物,做PCR出来,miRNA的CT值28.29,U6的CT值22.23。

稀释倍数已经调过了,上面是最好的结果,但还是不够理想,目前是希望两者的CT值再缩小一些,主要是想把内参的CT值调大一些,这样稀释倍数调浓一些就可以把目的基因的CT值调小。

但是逆转录的U6的引物已经调的很低了,甚至不加(不加是否可行)。

问题:

1.楼主的miRNA茎环逆转录引物的Tm是74,U6后引物的Tm在59,我进行逆转录时的温度是42,是否是因为两者的Tm值过大导致miRNA逆转录效率低,该怎样调整逆转录条件?

2.楼主逆转录时不加U6的逆转录引物,这样是否可行?

3.查资料看到可以把U6的逆转录引物换成Random 随机引物,它和miRNA的茎环引物比例要怎么设置?

4.考虑到楼主的miRNA含量较低,是否需要换成专门的miRNA提取及逆转录和PCR的试剂盒?(最好不换,有别的方法最好)

【楼主用promega的trizol做总RNA提取,用promega的逆转录试剂盒和qPCR预混液做逆转录和qPCR】

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2 个回答

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秋秋欣欣

有帮助

如果内参齐,然后目的ct值差异比较大,但是稳定的话也是可以用的

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dxy_gwrp7ndq

有帮助

内参基因属于表达量较高的持家基因,如果目标基因和内存基因表达量(CT值差)过大,用内参基因来衡量目标基因的表达量(绝对值)就不完全可靠,但至少可以说明目标基因表达非常低。

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