荧光定量pcr染料法、探针法应该如何选择？

各有利弊，探针法通过探针可以增加反应收集信号的特异性，只有探针结合的片段上发生扩增才能收集到信号，探针法能够用多重体系反应，能够预测和提前进行反应条件的优化，缺点是要合成探针，成本高.染料法经济实惠，可以做溶解曲线，分析全部PCR产物的TM值，缺点就是特异性没有探针法好

取决于你们实验室习惯用什么方法，这两种方法都可以，染料法普适性更强一些，探针法特异性更强一些。

染料法染料法，顾名思义，就是在PCR体系中加入能发出荧光的染料。比较常用的就是SYBR Green I。这种染料可以嵌入到双链DNA分子中，在激发光的作用下会发射出荧光。通过荧光数值，最终可以分析计算出DNA的含量。（另，SYBR Green I也可以作为DNA电泳的染料来使用）

探针法探针法，其发光原理是通过人工合成带有荧光基团的探针，当此探针与目的序列片段相结合后即发光荧光。同理，可据此分析出DNA的含量。

简单的说：染料法便宜，探针法精确。

目前已经较少单独使用SYBR Green I。市面上的SYBR Green I多半已经与其他成分混在一起，做成PCR Mix成品，直接用于荧光定量PCR。在加样时，样品体系中已经含有了浓度适中的SYBR Green I。SYBR Green I成本并不高，所以整体上做下来实验并不会花费太多。

● 但染料法的缺点也是有的：即染料并不会特异的识别PCR产物。假如PCR产物中含有非目的产物DNA，也就是“不是你想要的DNA”，但染料并不会认得它，只要是双链DNA，染料就与之结合并发光。这样你就很难判断你检测到的荧光是来自于“你想要的DNA”，还是“你不想要的DNA”。那么这样的结果就难以保证精确性了。用染料法保证精确性的方法也是有的，我们会在以后提到。小小卖个关子。

● 相比之下，探针法的优点就是足够精确。探针法的原理决定了探针只会特异的识别与之匹配的DNA序列。如果我们的PCR由于种种原因产物中除了你想要的DNA、同时还出现了你不想要的DNA，那么不担心，探针只会识别“你想要的DNA”。那些“你不想要的DNA”，探针是不会与之相结合的，所以它即使存在也不影响你的实验结果。你得到的荧光读值必然来自于正确的DNA序列。实验的精确性得以保证。

探针法的成本比染料法要高。所以在我们设计探针时需要谨慎！