通过向原有PCR反应体系中加入PCR添加剂，来降低双螺旋DNA的稳定性，从而解决等位基因扩增不平衡的问题；所述原有PCR反应体系为所述对待测等位基因进行PCR扩增出现等位基因扩增不平衡情况时所采用的PCR反应体系。实验证明，该方法确实可以有效的解决由于“部分待测等位基因在PCR扩增过程中解链形成复杂二级结构或/和DNA双链解链不充分”而导致的等位基因扩增不平衡。

pcr复合扩增中，引物是关键，要高度特异。再就是退火温度要和引物的解链温度接近。 可以采取一种叫均匀设计的方法。参见文献：

采用均匀设计法优化PCR复合扩增的实验研究

2013，高静等。

可以通过PCR添加剂解决PCR复合扩增中的扩增不平衡。