HLA高分序列确定
Miao夏
本人在做HLA过表达构建，举个例子
用HLAminer预测了抗原的HLA亲合，提示了几个HLA， 比如我想知道HLundefinedA02:01的序列，登入IPD- IMGT/HLA后，发现有更高分的HLA-undefined02:01:03 、undefined02:01:01…这种，他们都属于undefined02:01家族的呀，我怎么确定undefined02：01的序列呢? 问了一些人也没有给出太好的回复，希望有人能解答！
3 个回答
sswei
IMGT/HLA数据库中查找“HLA-A02:01”，然后选择一个具有最高分数的亚型来进行匹配，因此有利于研究的顺利进行，获得正确结果。
Miao夏
谢谢您的回答！我理解的意思是选择最分数的亚型，比如HLundefinedA02:02:01是占绝大多数（且跟我研究的分子B有匹配），用其序列去代表HLundefinedA02:01么？
毛利小五郎的徒弟
可以按照初始序列推测，先得到家族序列然后按照初始序列推测
loveliufudan
在PD-IMGT/HLA数据库中，HLA序列的命名通常会包含HLA分子的分型信息，例如HLA-A02:01:01:01表示HLA-A分子的第一个亚型，而HLA-A02:01:01:02表示HLA-A分子的第二个亚型。对于某些分子，可能会存在多个亚型，如您所述的HLA-A02:01:01和HLA-A02:01:03。其中，HLA-A02:01:01和HLA-A02:01:03具有不同的多态性，即它们在HLA-undefined02:01分型的某些位点上存在差异。因此，它们的序列也会略有不同。
如果您想了解HLA-A02:01分子的共同序列，可以在PD-IMGT/HLA数据库中搜索“HLA-A02:01”，然后选择一个亚型进行查看。通常来说，选择一个具有最高分数的亚型是比较合适的选择，因为这意味着该亚型与您的HLA分型匹配度最高。然后，您可以在该亚型的详细信息页面上找到该HLA分子的序列信息。请注意，由于HLA分子具有高度多态性，因此即使是相同分型的HLA分子在序列上也可能存在差异。因此，如果您正在进行HLA构建和表达实验，请务必确认您选用的HLA序列与您感兴趣的分子是匹配的。
