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溶液配制
(1)10×甲醛变性胶缓冲液配制(2000ml)
NaAc.3H2O 13.6g,MOPS 83.6g,EDTA二水二钠 7.44g;
加DEPC蒸馏水1600ml,转子溶解至透明澄清;
调节PH至7.0, 容量瓶定容至2000ml,混匀至澄清透明。4℃放置备用。
(2)10×甲醛变性胶loading buffer配制(RNA专用)
16 ul gelred + 4.984 ml DEPC水 +10ml 6×核酸loading buffer
电泳
动物标本用1.3%凝胶,植物标本用1.4%标本。
(1) 配制1.3%甲醛变性胶
将10×甲醛变性胶缓冲液用DEPC水配制为 1×甲醛变性胶缓冲液3g/100ml缓冲液,微波炉融化。因为溶液会挥发,一般多方2-4ml缓冲液。
注意:融化中观察颗粒,不要长时间加热,在首次沸腾后,每10s取出摇动,直至澄清完全没有颗粒物或丝状悬浊物。冷却至5-060℃倒入模具,加梳子室温静置30min。
(2) 拔取梳子时候不要直接拔,用缓冲液湿润凝胶表面,干燥会造成梳子周围胶裂开。
将4℃冷却的缓冲液倒入电泳槽,如果是二次使用,电泳槽放入冰盒中。
按照RNA浓度,取0.3微克RNA和2.5微升配置好的loading buffer(如果浓度较高,体积小于3微升,需要加入3ul水平衡体积,不管梳子大小,保证胶孔底部加满,确保条带完成。)。混合好的样本放入金属浴或PCR仪在65℃下变性5min。
(3) 点样,marker为trizol制备的HEK293T或者Hela细胞的RNA,这两种细胞比较大,提出的RNA浓度和纯度合适。
(4) 120V电泳10-15min,随时观察,电泳位置约为电泳槽一般到2/3,标准的样本会出现三条带,分别为28S,18S,5S。28S和18S的亮度比为2:1为最好。1:1也可以用。从大到小亮度比例变化为RNA降解造成。
土井挞克树
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变性的不需要尿素变性吗?
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