可以在两个融合蛋白间的linker边上再加酶切位点吗？

理论上是可以的，但是你做好拿软件预测一下，会不会有新的产物产生

这个看情况，如果linker不是很长，可以在引物合成的时候直接合成进去。

第一种方法，有限制酶切连接的方法，先把linker设计在A基因的引物上，然后先构建在载体上，然后再把B基因插在linker的后面
第二种方法，做Overlap PCR，先获得A+linker+B的全长序列，然后再构建到载体上