同源重组构载，抗性板上长的菌很少，而且都是假阳性菌

看一下，你插入片段的引物有没有问题？感觉是没有同源重组上去。或者是看一下你酶切载体的酶有没有问题。

应该是连接比例，或者载体酶切不彻底，目的片段等的问题，如果担心是自连状况，建议增加一个连接体系中只加载体、不加目的片段的对照，排除自连的问题

有可能感受态活性或者量不够，造成克隆数少。

可能问题在于整合率非常低，加大细胞数，比如6块6厘米盘进行转染，获得更多的克隆再从中间选真克隆。