体外转录，转录酶结合在DNA双链的哪条链上，怎么判断是以那一条连作为模版？

RNA聚合酶上σ 亚基与启动子上特定区域的特异性结合，或者说启动子上特定的序列，就决定了哪一条是模板链。

看你的实验目的，设计在设计转录模板时，必须确定需要的是正义链还是反义链转录本。若RNA是要用作与信使RNA杂交的探针（例如：Northern blot、原位杂交、核酸酶保护实验等），则需要互补的反义链转录本。反之，当进行表达、结构或功能研究时，或使用人工正义链RNA来构建RNA定量的标准曲线时，则需要正义链转录本。

DNA模板上的RNA聚合酶启动子序列+1 G是转录产物中的第一个碱基。为了获得正义RNA，编码链的5’末端应当与启动子的+1 G相连，或正好处于下游。若要转录反义RNA，则是非编码链的5’末端应当与+1 G相连。若插入片段是在载体中，则应当在启动子和需转录插入序列的下游对载体进行线性化

转录是由DNA合成RNA的过程，同样遵守5'->3'的合成规则，因而只需要启动子有方向就能确定出转录是发生在哪一条链。而启动子的方向是由序列所定义的，其并不是回文序列，是可以很容易地判断出方向的