【求助】ChIP超声条件摸索

丁香实验

2021-10-21

实验室新手请教前辈。 ChIP才开始做，还在摸超声条件，两边框为DNA marker是100~2000，附上三张电泳图，1.5%的胶，每个孔都是超声条件不同的组。看到论坛里大家的打的片段都集中在某一个区域，为什么我打出来是均一的一列都有。会不会和超声探头的粗细有关系，要不要换大一点的探头，我用的2mm探头。解交联的产物要不要浓缩一下再跑电泳。还有哪一组可以继续优化。我的条件是120w，2s on，5s off。time：各组30s~4min 不等。后两张图的第一组是未超声解交联产物，为什么都跑不出来。我用的材料是小鼠的肾脏小管细胞。

2 个回答

丁香实验

2021-10-21

有帮助

还有，一般超声片段范围在200_1000比较好，其实200_2000也是可以接受的，只要能保证70%以上在这个范围，就可以了！

丁香实验

2021-10-21

有帮助

我之前超声做的也很纠结，后来成功了，有一些经验可以跟大家分享一下。 1、首先是探头，每个实验室用的探头都不一样，关键是探头一定要伸到页面下，不要触管底，也不要触管壁，否则很容易起泡。我用的是6mm的探头，750微升的裂解液，2ML管子。 2、打超声的模式一般为:超声10-15s，间隔30-45s，如果温度过高间隔的时间还可以更长，然后超声循环数的摸索可以从9个循环开始，一般不超过15个循环，都摸索一下。 3、超声功率的确定。超声功率为不起泡的最大功率。比如你打10-15s，不起泡的最大功率就行。