植物免疫沉淀酶切的疑问

最近在做植物的免疫沉淀，有个问题和大家交流。当我提取出来核后需要用micrococcal 酶切方法剪断染色质，然后由于剪断的染色质是可溶性的，所以我们直接取上清纯化后就直接用来与抗体反应了。但有个疑问一直不清楚，提取完核后，细胞核是完整的，那么酶是如何剪切染色质的呢？是穿过核膜进入细胞核剪切的吗？ 还是有哪些试剂将核破裂掉再酶切的？