自杀质粒构建的重组质粒转化含有自杀质粒的大肠杆菌，是否会有质粒的相容性问题？

没有必要再转到含有自杀质粒的细菌中了。你构建的含有同源片段的重组质粒本来就具有自杀质粒的功能，转到没有自杀载体的细菌中，其同样能够进行敲除或失活目的基因。另外，如果你有其他特殊目的，实在要转到含有自杀载体的细菌里的话，那你可在你重建的质粒上添加一个不同的抗性基因，这样就可以通过添加抗生素防止质粒丢失了。还有质粒的不相容性是一个缓慢的过程，一般需要几代或几十代或更长的细菌繁殖周期，你做自杀载体的话肯定不需要他长时间（一般发酵生产需要）存留的，只要目的基因整合到基因组上面就可以了。