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Nature Communications|压力对细胞有何好处?

常言道,天将降大任于斯人也,必先苦其心志,劳其筋骨,饿其体肤,空乏其身,行拂乱其所为。适当的压力,能给个人的成长带来好处,最近的一项研究表明,细胞承受「压力」时可能也是如此…… 随着全球人口老龄化,越来越多的人被诊断为阿尔茨海默症,该疾病给无数家庭带来沉重的经济和心理负担,然而目前并未有疗效良好的药物。阿尔茨海默病的病理特征是错误折叠蛋白质的堆积,淀粉样蛋白和 tau 蛋白会形成聚集体,对大脑神经细胞造成不可逆的损伤。 2022 年 5 月 6 日,剑桥大学英国痴呆症研究所 Edward Avezov 博士领导的团队在 Nature Communications 杂志发表研究论文 Stress-induced protein disaggregation in the endoplasmic reticulum catalysed by BiP。该研究揭示,当细胞被要求生产大量的蛋白质时,它们会感到「压力」,这种「压力」通过拆开聚集体使其正确地折叠,有助于防止阿尔茨海默症中常见的蛋白质缠结的堆积。 若能寻找一种方法唤醒该机制,使细胞在压力状态下促使蛋白聚集体拆解并正确地折叠,则为攻克阿

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MIT 新发现或为癌症 / 痴呆治疗带来启发

细胞协调生物合成和分解代谢途径的活动,以及成分的吸收和分泌,以维持适当的分子组成。在持续增殖的细胞中,这些过程是协调的,使得所有细胞成分在每个细胞周期中翻倍,而分化细胞可能会改变其组成,以匹配其功能。 麻省理工学院(MIT)的研究人员注意到,细胞在进入细胞分裂时,会损失大约 4% 的质量,这意味着细胞在分裂前可能会进行一些清理,将似乎不再需要的分子排出体外。这一发现以 Single-cell monitoring of dry mass and dry mass density reveals exocytosis of cellular dry contents in mitosis 为题发表在近日的 Elife 上。 图 1 研究成果(图源:Elife) 研究内容为了更好地了解有丝分裂细胞的生长和成分变化,研究人员开发了一种监测单细胞干质量(即总质量 - 水质量)、干体积(即总体积 - 水体积)和干质量密度(即干质量 / 干体积)的新方法。 测量细胞的干质量,通常使用定量相显微镜完成,但它不会揭示有关干质量的生物分子组成的信息,并且很难用于悬浮生长的细胞。而 MIT 团队开发的新方

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Cell Reports|浙大陈晓团队解码肌腱成熟过程的关键细胞图谱

肌腱是人体运动和力学传递的关键组织,胶原纤维占比 95%,成熟胶原原纤维具备独特的直径大小不一的特点(平均直径 150nm),而损伤后由纤维化、直径均一的疤痕细纤维替代(平均直径 50nm),无法再恢复到粗纤维,导致肌腱无法再生,而胚胎肌腱胶原也由细纤维构成,结构与疤痕纤维类似,但可以成熟变成粗纤维(图 1)。 肌腱损伤和由此产生的肌腱病占运动系统疾病的 30%,对人们生活质量,社会生产力和医疗支出方面造成巨大损失。目前肌腱纤维成熟变粗的关键肌腱细胞亚群与机制并未有相关研究。因此,明确肌腱的细胞亚群和胶原纤维纳米水平构建机制,可望发现关键靶点和实现肌腱的亚显微结构再生。 在此背景下,浙江大学陈晓课题组于 2022 年 4 月 26 日在 Cell Reports 杂志上发表了题为 A Cd9+/Cd271+ stem/progenitor population and the SHP2 pathway contribute to neonatal-to-adult switching that regulates tendon maturation 的研究论文,首次明确了肌腱纤维成熟的

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Sci Adv|半人工光合作用领域取得新突破

北京时间 5 月 7 日,中国科学院深圳先进技术研究院合成生物学研究所、深圳合成生物学创新研究院钟超课题组在 Science 子刊 Science Advances 上发表题为 Photocatalyst-mineralized biofilms as living bio-abiotic interfaces for single enzyme to whole-cell photocatalytic applications 的研究论文。 该研究利用工程改造的大肠杆菌生物被膜原位矿化作用,构建了一个全新的生物-半导体兼容界面,并基于此实现了从单酶到全细胞尺度上可循环光催化反应,为可持续半人工光合体系的构建提供了一种新的思路。钟超课题组副研究员王新宇和上海科技大学博士生张继聪为文章共同第一作者,钟超研究员为唯一通讯作者。 文章截图(文章链接:https://www.science.org/doi/10.1126/sciadv.abm7665) 随着全球能源和环境问题的不断加剧,可再生清洁能源的开发,特别是太阳能的转化利用吸引了全球研究人员的关注。半人工光合作用是近年来诞生的新兴研究领

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PCR 引物设计小技巧,你 get 了吗?

1、引物最好在模板 cDNA 的保守区内设计DNA 序列的保守区是通过物种间相似序列的比较确定的。在 NCBI 上搜索不同物种的同一基因,通过序列分析软件(比如DNAman)比对(Alignment),各基因相同的序列就是该基因的保守区。2、引物长度一般在 15-30 碱基之间引物长度(primer length)常用的是 18-27bp,但不应大于 38bp,因为过长会导致其延伸温度大于74℃,不适于 Taq DNA 聚合酶进行反应。3、引物 GC 含量在 40%~60% 之间,Tm 值最好接近 72℃GC 含量(composition)过高或过低都不利于引发反应。上下游引物的 GC 含量不能相差太大。另外,上下游引物的 Tm 值(melting temperature)是寡核苷酸的解链温度,即在一定盐浓度条件下,50% 寡核苷酸双链解链的温度。有效启动温度,一般高于 Tm 值 5-10℃。若按公式 Tm=4(G+C+2(A+T)估计引物的 Tm 值,则有效引物的Tm为 55-80℃,其 Tm 值最好接近 72℃ 以使复性条件最佳。 4、引物 3' 端要避开密码子的第 3 位如扩增编

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Science | 中暑为什么会导致死亡?

中暑是一种由热应激引起的危及生命的疾病,与循环衰竭和多器官功能障碍有关。如果全球变暖持续下去,中暑可能会成为世界范围内更突出的死亡原因,但其致病机制尚不清楚。 2022 年 5 月 5 日,中南大学吕奔团队在 Science 在线发表题为 Z-DNA binding protein 1 promotes heatstroke-induced cell death 的研究论文,该研究发现 Z-DNA 结合蛋白 1 (ZBP1),一种 Z-核酸受体,通过触发受体相互作用蛋白激酶 3 (RIPK3) 依赖性细胞死亡来介导中暑。 热应激通过热休克转录因子 1 (HSF1) 增加 ZBP1 的表达,并通过独立于核酸感应作用的机制激活 ZBP1。ZBP1、RIPK3 或混合谱系激酶域样 (MLKL) 和 caspase-8 的缺失降低了热应激诱导的循环衰竭、器官损伤和致死率。因此,ZBP1 似乎具有协调宿主对热应激反应的第二个功能。 临床上,中暑的特征是极度高热、全身炎症反应、循环衰竭、出血和凝血障碍,以及热相关细胞毒性、炎症和弥散性血管内凝血 (DIC) 之间复杂相互作用导致的多器官功能障碍。

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新冠病毒及变异株疫苗新突破:环状 RNA 疫苗

日前,北京大学生命科学学院魏文胜课题组在 Cell 杂志上在线发表题为“Circular RNA Vaccines against SARS-CoV-2 and Emerging Variants”的研究论文。 魏文胜团队首先建立了体外高效制备高纯度环状 RNA 的技术平台,针对新型冠状病毒及其变异株,设计了编码新冠病毒刺突蛋白(Spike)受体结构域(RBD)的环状 RNA 疫苗。 该项研究中制备的针对新冠病毒德尔塔变异株的环状 RNA 疫苗(circRNARBD-Delta)对多种新冠病毒变异株具有广谱保护力。 新冠病毒 circRNA 疫苗研发示意图 一、首创环状RNA制备平台作为近几年兴起的突破性医学技术,mRNA 疫苗的基本原理是通过脂纳米颗粒(LNP)将 mRNA 导入体内来表达抗原蛋白,以刺激机体产生特异性免疫反应。2019年底新冠肺炎疫情(COVID-19)暴发后,针对性的 mRNA 疫苗(ModernamRNA-1273; Pfizer/BioNTechBNT162b2)在多种疫苗类型中脱颖而出。mRNA 疫苗的修饰及递送技术均产生于国外机构,制约了我国 mRNA

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CELL | 线粒体 DNA 编辑技术最新进展

1953 年,沃森(James Dewey Watson)和克里克(Francis Harry Compton Crick)揭示了 DNA 双螺旋结构,自此开启现代分子生物学波澜壮阔的历史。1968 年,阿尔伯(Werner Arber)、内森斯(Daniel Nathans)和史密斯(Hamilton Othanel Smith)发现了如同精准的手术刀、切割特定 DNA 片段的限制性核酸内切酶,从此拉开了 DNA 编辑技术的序幕。1985 年,穆斯利(Kary Mullis)发明聚合酶链式反应,即体外特异性地大量扩增核酸序列的 PCR 技术。 上述三大了不起的发现均荣膺诺贝奖,随着科学技术车轮缓缓向前,基因编辑技术在此基础上应运而生! 自 20 世纪 90 年代以来,一系列基因编辑工具,如锌指核酸酶(ZFN)、转录激活因子样效应蛋白核酸酶(TALEN)、CRISPR 系统及单碱基编辑技术等基因编辑技术,被用以对基因组进行定点修饰。其中 CRISPR 系统及单碱基编辑技术更是在基因组编辑领域掀起了一场真正的革命! 然而,这些基因编辑工具在面对线粒体 DNA 的编辑时,却显得有心无力。2

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Science|癌症放疗耐药性背后的机制

癌症治疗中,有一类方法通过造成广泛的 DNA 损伤,可以使癌细胞失活并死亡,这类方法被称为基因毒性疗法。其中,放射治疗是标准肿瘤治疗中应用最广泛的基因毒性疗法。 放射治疗中的能量辐射会引发 DNA 广泛损伤,通常以双链断裂(double-strand breaks, DSBs)、单链断裂(single-stranded breaks,SSBs)和 DNA 链间交联的形式出现。这些损伤可能对细胞造成不可修复的损伤,触发细胞死亡或细胞周期退出。 然而,在临床上,癌症放疗的耐药性仍然是癌症治疗中相当大的障碍,因为癌细胞部署了一系列机制,以减轻放疗造成的损伤,但我们对这些机制尚不完全了解。 2022 年 4 月 28 日,丹麦哥本哈根大学生物技术研究与创新中心的 Claus Storgaard Sørensen 实验室在 Science 杂志发表研究论文 Cancer cells use self-inflicted DNA breaks to evade growth limits imposed by genotoxic stress,该研究为癌症放疗耐药性背后的机制提供了一种新的见解。

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CELL 子刊|睡眠不足为何会导致眼睛不适?

睡眠缺乏是全世界关注的公共健康问题。据世界卫生组织报道,全球约有27% 人口存在睡眠障碍。大量研究证明睡眠不足与糖尿病、高血压、心血管疾病以及肥胖等全身疾病相关,严重影响人类身心健康。在中国,成年人失眠的发病率高达 38.2 %。更令人震惊的是,有六成以上青少年存在睡眠不足。 4 月 28 日,厦门大学医学院眼科研究所、福建省眼科与视觉科学重点实验室刘祖国教授和李炜教授团队在 Cell 出版社旗下的 Stem Cell Reports 杂志在线发表其最新研究成果 Sleep Deprivation Induces Corneal Epithelial Progenitor Cell Over-Expansion through Disruption of Redox Homeostasis in the Tear Film,揭示睡眠不足对角膜上皮干细胞的危害。 图片来源:Stem Cell Reports 人们都说「眼睛是心灵的窗户」,而角膜则是眼睛的窗户。角膜表面的复层上皮细胞不断更新,维持角膜的高度透明和表面光滑,并防止外界微生物的入侵。人类角膜上皮细胞增生的源泉就是处于角膜缘的角

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DiMProTM全长膜蛋白

跨膜蛋白及药物研发跨膜蛋白作为细胞膜的重要组成部分, 在物质运输、信号转导和细胞间识别等多种细胞功能中发挥着重要作用。其功能异常往往会导致疾病的发生,这使它们成为理想的药物作用靶点。目前以跨膜蛋白为药物靶点占现阶段己知药物靶点的60%以上。而针对抗体药靶点,膜蛋白几乎占90%以上。跨膜蛋白在物质运输、信号转导和细胞间识别等多种细胞功能中发挥重要作用抗原制备尽管有着重大的意义,针对跨膜蛋白的药物开发仍然具有很大的挑 ...

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进阶:6 年免疫组化经验总结

做过病理实验的人都知道,实验看似容易,但真想把它做好,还是需要花上很长一段时间去积累和摸索经验。我从事病理实验已有 6 年多了,在这段时间里,我做过许许多多病理相关实验,刚开始啥也不懂,一味按照网上操作流程来做,但做的结果往往并不是十分理想,最终结果未能达到预期的效果。经过一段时间的浏览和学习,在论坛内学习、请教,并结合实践操作,我经历了初级——查找资料和摸索方法;中级——问题求助和不断总结;高级——难题解答和经验分享这三个阶段,也学到了不少知识,积累了很多宝贵经验,与大家一起分享。一、石蜡切片和冰冻切片的比较?1、要求做冰冻切片的不一定能做石蜡切片,这是我向一老师请教得出的结论。因为作石蜡切片时要高温烤片,可能会破坏组织的抗原性,如果组织的抗原性较稳定,则可作石蜡切片;但是要求做石蜡切片的,可作冰冻切片。2、冰冻切片的优点是能够较好的保存组织的抗原免疫活性,做免疫组化时不需抗原修复这一步。缺点是细胞内易形成冰晶而破坏细胞结构,可能会使抗原弥散;切片厚度较石蜡的厚,做的片子没石蜡的漂亮。当你买一抗时,目录上都写着做什么样的切片,如果它写着只能做冰冻,就不能做石蜡,如写着两者都可,那就都

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血浆稳定性试验的血浆怎么选

1 血浆稳定性研究的意义1.1 血浆稳定性研究的重要性在药物发现过程中,先导化合物的代谢稳定性(包括肝代谢稳定性和血浆稳定性等)是影响其成药性的关键因素。在药物研发案例中,很多先导化合物都存在稳定性差的问题,而很多具有良好药理活性的化合物由于不够稳定最终导致研发失败而终止。因此,代谢稳定性研究是寻找候选药物过程中不可或缺的一项重要内容。尽管化合物的肝代谢稳定性被普遍认为是药物发现过程中所面临的最主要的挑战之一,但是 ...

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空白生物基质 ——生物样本分析方法学验证

1 空白生物基质采自健康受试者或者健康实验动物的空白全血、血清、血浆、胆汁、乳汁、尿液、粪便、肠道内容物、组织脏器、玻璃体液、房水、脑脊液等多种类型的生物基质,统称为空白生物基质。2 空白生物基质应用在生物基质分析方法的建立和验证中,需要使用空白生物基质,确保分析方法的准确性及可靠性。空白基质主要用于配制校正标样、制备质控样品用于考察分析方法的特异性、选择性、精密度、准确度、基质效应、回收率、稳定性、稀释线性、干扰效应等。其中检测 ...

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那些高分 SCI 论文的写作锦囊

又是一年高考时,作为师兄的我也即将迎来高考的十周年,当年选专业脑袋进的水到现在还未风干,已然化作论文惆怅的眼泪和辛苦实验的汗水,伴着发亮脑门上孤单的几根秀发在夏天的微风里摇曳。如果你问师兄怎么赚钱、如何泡妞,师兄倍感羞愧,因为师兄只会给你讲那些高分 SCI 论文的写作锦囊。 一、论文存在 4 个基本问题一篇完整的 SCI 论文必须要回答 4 个基本问题:1. 你为何要开始?Why did you start?2. 你做了什么?What did you do?3. 你发现了什么?What did you find?4. 它的意义是什么?What does it mean?师兄想问一下,你们写论文时有没有认真思考过这些问题?其实这是一篇科技论文的 4 大核心问题,当我们解决了这些问题后,论文自然而然顺理成章、水到渠成。这 4 大核心问题是一篇论文的基础,也是框架,对应到 SCI 论文中是常用的 IMRAD 结构。即引言(Introduction)、材料与方法(Materials and methods)、结果 (Results)以及讨论(Discussion),当然最后需要题目(Title

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科研人的聚会来啦!

丁香实验致力于服务科研人,希望科研给科研人创造一个轻松的科研环境,所以在去年9月丁香实验小程序正式上线,完成了集实验库、专题、问答三个功能于一体的小程序~ 每一次丁香实验的迭代,都是来源于大家的建议,当然每次有新功能或迭代的上线,我们会找一些新老朋友聊聊,看看我们是否能够解决大家的疑问; 但是每次都是线上或者电话沟通访谈,我们希望和丁香实验的用户们建立更加紧密的联系,所以我们决定在杭州举办一次线下圆桌会议,希望能和一些科研小伙伴面对面聊聊天~我们通过圆桌会议:探讨科研人的成长路径;研究如何帮助科研人成长;聊聊科研中的焦虑及开心;当然也希望聊聊大家的日常生活,不止实验,不止科研;我们希望:你是在校研究生OR博士生(生物/基础医学/药学相关专业科研人),~乐于与我们分享/吐槽你的科研生活~身在杭州,方便面基~圆桌信息:地点:杭州(具体地点等人员确定,再行公布)时间:6月13日-6月17日其中一天下午(具体时间等人员确定,再行确定)人数:4-6人参与方式:扫码添加工作人员微信哦~扫码添加微信丁香实验 轻松科研

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盘点!论文 5 大部分的写作模版与套路

一、标题在提一个临床问题时,我们可采用国际上常用的 PICOS 原则:P-patientor population:特定的患病人群/临床问题,即患者或人群。I/E-intervention/exposure:干预措施/暴露因素,如诊断治疗方法。C-comparison/control:对照措施或另一种可用于比较的干预措施,即比较因素。O-outcome:结局,即干预措施的诊疗效果。S-studydesign:研究设计方案。了解以上原则之后,先按照 PICOS 原则,把关键词列出来,然后组合到一起是临床研究最常用的起题目的方式。关于题目的字数:题目的长短,每个杂志都有规定,尽量不要超过规定的词数,通常不要超过 100 字母或 10~12 个英文单词。举两个 BMJ 的标题例子:最后一个重要的问题,标题中往往需要表明研究类型:前瞻 OR 回顾?单 OR 多中心?队列研究 OR 病例对照?真实世界 OR RCT?很多同学在写论文的时候都会犹豫并淡化临床研究的类别,甚至说错自己的研究类别。 二、摘要总听到有的老师讲“摘要的结构化”,到底什么是摘要的结构化,今天我们就来看看标准结构的摘要,长什

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临床研究的各个类型,你分得清么?

我们发现临床类研究文章投稿时,常常会被审稿人提出对研究设计类型的质疑:是横断面研究?还是病例对照研究?还是队列研究?因为不是流行病专业的,医生们对研究类型的了解多来自于其他相关类型文献。有些研究表面相似,其实有着本质的区别。 今天就和大家一起从基础概念上来把各个研究类型好好理一理!希望今天之后,咱能清楚知道自己的研究是哪种类型!临床研究可以分为:原始研究和二次研究两大类(如下图)。原始研究是大家最容易混淆的部分,今天我们就先来谈谈它。原始研究根据是否存在人为干预措施,分为观察性研究和实验性研究两大类。 一、观察性研究(observational study)观察性研究是指研究过程中的不存在研究人为措施干预。举例来说,如果研究者想探索维生素 D 缺乏与佝偻病的关系。受试者维生素 D 的水平是由原先的生活饮食习惯决定的,不会被人为要求增加或减少摄入。 观察性研究根据是否存在对照组又分为描述性研究和分析性研究。描述性研究(descriptive study)描述性研究没有对照组,研究形式主要包括:病例个案报道(case report),成组病例分析(case series),单纯描述性的横断

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论文配图总被批?一个例子教你拿捏 SCI 组图规范!

常言道:一图胜千言。科研论文中更是如此。图片作为论文的门面,须得规范,非得要「西装革履」「衣冠楚楚」才行,绝不能「胡子拉碴」「不修边幅」。可惜许多刚刚踏入科研之门的萌新,并不了解科研论文图片的制作规范,甚至许多好不容易熬到毕业季的老腊肉,也是一知半解,云里雾里。接下来,笔者就从一个具体例子出发,和大家系统性的说一下,规范科研论文组图的流程。我们来看看下面这张组图(图 1)。这张图乍看还 OK,但其实很不规范。比如说:图片大小不统一、线条和字体大小粗细不统一、图片模糊等等,像个不修边幅的抠脚大汉。那么今天,笔者带大家将其修改规范,从而符合科研论文图片的要求,华丽变身成为「衣冠楚楚的职场精英」。图 1(图片来源:橙医生)在修改之前,我们需要了解几个基础知识: 一、基础知识1、科研论文图片的物理尺寸和一般要求正如人有身高、声音等很多特征,一张图片有很多属性,如宽高、像素、分辨率。首先,我们一定要牢记在心的是,当我们进行组图排版时,一定要基于图片的物理尺寸,即整张组图的长宽是多少(厘米)、组图里面每张图片的长宽是多少(厘米)。就像我们用 Word 文档时,一般情况下也是基于 A4 纸的大小去写

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让审稿人如此满意的 SCI 论文示意图,如何搞定?

俗话说,「一图胜千言」……不管是在组会演讲,毕业论文,还是 SCI 论文中,都会看到一些非常好看的示意图,这些图可绝不是为了凑数的哦!示意图,一方面可以清晰直观的反应某个实验过程或者研究得出的结论。另一方面也可以给自己的论文增添色彩。一般简单的图形,同学可以在 PPT 中完成,但是很难达到出彩的效果。而 AI 对于医学生来说是一款相对好学,比较友好的软件,能帮助我们完成很多的操作,这其中就包括矢量示意图的制作。接下来,我们就讲一下怎么画 CNS 论文级别的示意图。我们主要用到的是 AI 中的钢笔工具。学会了钢笔工具的使用,对于普通的作图也就得心应手了。 一、论文中的图片素材如何绘制首先,认识画图工具——「钢笔工具」1、打开 AI 软件,点击「新建」-「创建画板」,选择「钢笔工具」。图片来源:自己做的2、如何使用「钢笔工具」?钢笔工具可以画直线,也可以画出任意平滑曲线。在使用时,选择「钢笔工具」,鼠标左键单击画板,创建一个锚点,然后在其他区域单击,则可以创建一段线段。不放开鼠标,调整鼠标方向,则可以创建一段曲线。听起来有些复杂,其实操作起来很简单的,大家试一下就明白了。图片来源:自己做的

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