怎样寻找不同物种间对应的基因?
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利用 NCBI 可以查询不同物种间相对应的基因,如与小鼠相近的人类的基因:
人和大鼠是做过全基因组比较基因组学研究的, UCSC 做得最全全面,已有相关的 paper 发表。在 UCSC 的 Genome Browser 中,可以通过基因名查询人、小鼠、大鼠、鸡、猩猩、狗、斑马鱼、河豚这些物种之间的对应或相似的基因。
也可以通过 homologene 来进行查询:
例题 : 找到跟人的 p21 基因相对应的大鼠基因 .
1. 进入 entrez gene .
2.search gene for p21
To limit your search to a specific field, select:gene name
Limit by Taxonomy: Mammalia: Homo sapiens
3. 选择第一个 CDKN1A, 在 link 中新窗口打开 homologene得到: R.norvegicus--- Cdkn1a--- cyclin-dependent kinase inhibitor 1A
4. 在大鼠芯片 list 中查找 Cdkn1a,得 :13 17 n0313f03 U33314 Rn.10128
Rattus norvegicus serine/threonine kinase beta-PAK mRNA, complete cds p21 (CDKN1A)-activated kinase 3 Pak3
就这样找到了和人的 p21 基因对应的大鼠基因 Cdkn1a. 如果你对该序列还不是很放心的话,可以将两条序列进行比对,或者寻找原始文献确证一下。