如何确定引物(含修饰)的分子量

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引物(含修饰)的分子 量是如何确定的?

非修饰的引物的Molecular Weight在随引物提供的报告单上都有明确的标示。如果需要估计一个引物的分子量按每个碱基的平均分子量为324.5，引物的分子量=碱基数 x 碱基的平均分子量。或按下列公式计算MW= (NA * WA) + (NC * WC) + (NG * WG) + (NT * WT) +(Nmod * Wmod) +(Nx * Wx)+( Nundefined Wi) +1undefined Ns– 62.

NA, NG, NC, NT, Ni分别为引物中碱基A或G或C或T或I的数量，WA, WC, WG, W, Wi分别为引物中碱基A或G或C或T或I的分子量，Nmod，Wmod 分别为修饰基团的数目和分子量。

对于混合碱基的分子量为混合碱基的分子量总合除以混合数，例如G+A混合的分子量为(313.21+329.21)/2 = 321.21。Ns为硫代数目，硫代每个位置增加分子量16。

常规碱基分子量

Base	Molecular Weight
A	313.21
C	289.18
G	329.21
T	304.19
I	314.2
U	290.17

常规修饰基团分子量

5’-Biotin	405.45	3’-TAMARA	623.60
5’-(6 FAM)	537.46	3’-Dabsyl	498.49
5’-HEX	744.13	3’-(6 FAM)	569.46
5’-TET	675.24	3’-Amino Modifier C3	153.07
5’-Cy5	533.63	3’-Amino Modifier C7	209.18
5’-Cy3	507.59	3’-Thiol Modifier C3	154.12