新手请教SSR引物设计
丁香园论坛
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我刚接触引物设计,希望大家热心帮忙。
我从ncbi中找到一些微卫星序列,用pp5.0设计引物,好像根据引物设计原则,都找不到好的引物。不知道是不是在参数的设计上有什么规定,还是有什么窍门。请高手指教。
提供几段序列,请高手作为例子帮忙讲解一下如何设计引物扩增重复序列。
1 ggtggtggtg ctgtgagtta tacaagaccc agtaggaagc agcggcaggc agtattattt
61 cagtggtttg agccaaaact ttctctctct ctctctctct ctctcattaa attacaacta
121 atgcaagtag cattgtgaag gaggaatttg ggaactgttg ttcatcatcc aat
1 cttgcttcct tcaccatgat gcctggctgt gcaccatgaa aacacttctg cgtgccctca
61 ccctgcacac acacacacac acacacactt tatctctaca ttagtgtttt cctcacttgg
121 gttcatacct cccaaaacat tgagaacaca aggagaacan actctgtana anaccaa
1 tacagatgtc tactggcaga gccgcaggcg tgatctccga ccgatgcacc tgtgttggca
61 aaagctctta cgtgggtgca attaaagcag caaacctgca cttccactga ggctaatttt
121 agtctttact cctgggtgcc caggaataaa ctgcactggc tcatatagga cattgccggt
181 gccagctaca tccaaactca tgttttagca acttctttct gtagagcata cccgtactga
241 agagtccccc ctttcccata caacactgca cacccctcct tctcttcctc ctcctcctcc
301 tctttctcct tctcttcctc ctccttctcc ccgctcttaa cttttgagtc acagcatata
361 cagacagcag caatgacttt catgtaactg atggaaggaa c
我从ncbi中找到一些微卫星序列,用pp5.0设计引物,好像根据引物设计原则,都找不到好的引物。不知道是不是在参数的设计上有什么规定,还是有什么窍门。请高手指教。
提供几段序列,请高手作为例子帮忙讲解一下如何设计引物扩增重复序列。
1 ggtggtggtg ctgtgagtta tacaagaccc agtaggaagc agcggcaggc agtattattt
61 cagtggtttg agccaaaact ttctctctct ctctctctct ctctcattaa attacaacta
121 atgcaagtag cattgtgaag gaggaatttg ggaactgttg ttcatcatcc aat
1 cttgcttcct tcaccatgat gcctggctgt gcaccatgaa aacacttctg cgtgccctca
61 ccctgcacac acacacacac acacacactt tatctctaca ttagtgtttt cctcacttgg
121 gttcatacct cccaaaacat tgagaacaca aggagaacan actctgtana anaccaa
1 tacagatgtc tactggcaga gccgcaggcg tgatctccga ccgatgcacc tgtgttggca
61 aaagctctta cgtgggtgca attaaagcag caaacctgca cttccactga ggctaatttt
121 agtctttact cctgggtgcc caggaataaa ctgcactggc tcatatagga cattgccggt
181 gccagctaca tccaaactca tgttttagca acttctttct gtagagcata cccgtactga
241 agagtccccc ctttcccata caacactgca cacccctcct tctcttcctc ctcctcctcc
301 tctttctcct tctcttcctc ctccttctcc ccgctcttaa cttttgagtc acagcatata
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