PCR没有目的产物,请教引物设计
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我是临床医生,作试验是新手,在普通PCR时就一直扩不出目的片段,很苦恼,向高手请教,以下是相关内容
目标基因:
NM_181755.1 GI:32455238
ORIGIN:
1 ggaggaggga gagagagaga agagaagaaa aagaaaaaag aacatcaata aaaagaagtc
61 agatttgttc gaaatcttga ggagtcttca ggccagctcc ctgtcggatg gcttttatga
121 aaaaatatct cctccccatt ctggggctct tcatggccta ctactactat tctgcaaacg
181 aggaattcag accagagatg ctccaaggaa agaaagtgat tgtcacaggg gccagcaaag
241 ggatcggaag agagatggct tatcatctgg cgaagatggg agcccatgtg gtggtgacag
301 cgaggtcaaa agaaactcta cagaaggtgg tatcccactg cctggagctt ggagcagcct
361 cagcacacta cattgctggc accatggaag acatgacctt cgcagagcaa tttgttgccc
421 aagcaggaaa gctcatggga ggactagaca tgctcattct caaccacatc accaacactt
481 ctttgaatct ttttcatgat gatattcacc atgtgcgcaa aagcatggaa gtcaacttcc
541 tcagttacgt ggtcctgact gtagctgcct tgcccatgct gaagcagagc aatggaagca
601 ttgttgtcgt ctcctctctg gctgggaaag tggcttatcc aatggttgct gcctattctg
661 caagcaagtt tgctttggat gggttcttct cctccatcag aaaggaatat tcagtgtcca
721 gggtcaatgt atcaatcact ctctgtgttc ttggcctcat agacacagaa acagccatga
781 aggcagtttc tgggatagtc catatgcaag cagctccaaa ggaggaatgt gccctggaga
841 tcatcaaagg gggagctctg cgccaagaag aagtgtatta tgacagctca ctctggacca
901 ctcttctgat cagaaatcca tgcaggaaga tcctggaatt tctctactca acgagctata
961 atatggacag attcataaac aagtaggaac tccctgaggg ctgggcatgc tgagggattt
1021 tgggactgtt ctgtctcatg tttatctgag ctcttatcta tgaagacatc ttcccagagt
1081 gtccccagag acatgcaagt catgggtcac acctgacaaa tggaaggagt tcctctaaca
1141 tttgcaaaat ggaaatgtaa taataatgaa tgtcatgcac cgctgcagcc agcagttgta
1201 aaattgttag taaacatagg tataattacc agatagttat attaaattta tatcttatat
1261 ataataatat gtgatgatta atacaatatt aattataata aaggtcacat aaactttata
1321 aattcataac tggtagctat aacttgagct tattcaggat ggtttcttta aaaccataaa
1381 ctgtacaaat gaaatttttc aatatttgtt tctta
引物序列:UP:5’>gga ata ttc agt gtc cag ggt caa<3’,DOWN:5’>tga tct cca ggg cac att cct<3’
Tm值分别是61.8、62.0
扩增产物139bp
PCR体系:
Talara公司PCR试剂盒
DdH2O 11.6μl
10×RNA PCR Buffer 2.0μl
MgCl2 2.4μl
dNTP (10mM) 0.8μl
PrimerUP(20μM) 0.4μl
PrimerDOWN(20μM) 0.4μl
Taqenzyme (1unit/μl) 0.4μl
Template 2.0μl
Total volume 20μl
反应条件:
94℃变性 2分钟
94℃ 45秒
58℃ 30秒 39个循环
72℃ 30秒
72℃延伸 5分钟
另外,拟定荧光PCR时条件为:
94℃变性 2分钟
94℃ 15秒 40个循环
60℃ 60秒
72℃延伸 7分钟
等待指点ing