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【交流】shRNA设计

丁香园论坛

2886
各位战友:
一下是小妹在Invitrogen公司的siRNA designer设计的shRNA序列,均为小鼠基因,也经过Blast验证,质粒选择的是pGPU6/GFP/neo,酶切位点分别是Bbs 1 和BamH 1,请给位专家给予指导!

Rictor(190-208、845-863):

1.5-CACCGCTGGGCCATCTGAATAAC-TTCAAGAGA-GTTATTCAGATGGCCCAGC-TTTTTTG-3
3-CGACCCGGTAGACTTATTG-AAGTTCTCT-CAATAAGTCTACCGGGTCG-AAAAAACCTAG-5
2.5-CACCGAAGACAGAGAAGCACGAT-TTCAAGAGA-ATCGTGCTTCTCTGTCTTC-TTTTTTG-3
3-CTTCTGTCTCTTCGTGCTA-AAGTTCTCT-TAGCACGAAGAGACAGAAG-AAAAAACCTAG-5

mTOR(4921-4939、7594-7612)
1.5-CACCGAGGTTATCCAGTACAAAC-TTCAAGAGA-GTTTGTACTGGATAACCTC-TTTTTTG-3
3-CTCCAATAGGTCATGTTTG-AAGTTCTCT-CAAACATGACCTATTGAGG-AAAAAACCTAG-5
2.5-CACC-GCCTTAAACAAGAAAGCTA-TTCAAGAGA-TAGCTTTCTTGTTTAAGGC-TTTTTTG-3
3-CGGAATTTGTTCTTTCGAT-AAGTTCTCT-ATCGAAAGAACAAATTCCG-AAAAAACCTAG-5

Raptor(2348-2366、3974-3992)
1.5-CACC-GGACAACGGTCACAAGTAC-TTCAAGAGA-GTACTTGTGACCGTTGTCC-TTTTTTG-3
3-CCTGTTGCCAGTGTTCATG-AAGTTCTCT-CATGAACACTGGCAACAGG-AAAAAACCATG-5
2.5-CACC-AGGAGAGAAGCTGGACTAT-TTCAAGAGA-ATAGTCCAGCTTCTCTCCT-TTTTTTG-3
3-TCCTCTCTTCGACCTGATA-AAGTTCTCT-TATCAGGTCGAAGAGAGGA-AAAAAACCATG-5

看了园内的帖子后好像最后一条shRNA应该再酶切位点后面加一个G,因为U6启动子的第一个转录产物是G,还有一个疑问是在BamH1的酶切位点与shRNA之间加了一个C,那在Bbs1酶切位点也就是CACC后面是否也应该加一个C呢?请各位童鞋帮帮忙,指点一下,不胜感激!
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