【交流】shRNA：选19还是29bp？
丁香园论坛
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以下是美国冷泉港(CSHL)Hannon领导的研究小组报道的29bp shRNA可以在哺乳动物中起RNAi效应：
Paddison PJ, et al. Short hairpin RNAs (shRNAs) induce sequence-specific silencing in mammalian cells. Genes Dev. 2002 Apr 15;16(8):948-58. 免费全文网址：http://www.genesdev.org/cgi/content/full/16/8/948
该论文的RNAi实验对象之一是果蝇S2细胞，结果显示21nt siRNA以及29bp shRNA的敲减效果相似，论文中shRNA所用LOOP是4nt(UUAA)，实验结果中还提到“未显示的数据提示LOOP长度(4～23nt)效果没有明显区别”。该论文也证实19～29bp shRNA也可以在哺乳动物细胞(HEK293)中起作用。
随后很多研究单位开始采用长于19bp shRNA的设计方法，当时CSHL还在网上推出了壹个shRNA设计网页(http://katahdin.cshl.org:9331/siRNA/RNAi.cgi?type=shRNA)，虽然该网页现在已经被取消了，但是用Google检索“shRNA Katahdin”还是可发现很多文献用过该设计方法。
CSHL的Paddison PJ在一篇早期构建shRNA质粒的Protocol中（http://web.mit.edu/mmcmanus/www/home1.2files/PCR_Strategy.pdf）的确提到他们曾发现27～29bp shRNA质粒效果好于19～21bp shRNA质粒。
但是，Yu JY(Simultaneous inhibition of GSK3alpha and GSK3beta using hairpin siRNA expression vectors. Mol Ther. 2003 Feb;7(2):228-36. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?cmd=Retrieve&db=pubmed&dopt=Abstract&list_uids=12597911&query_hl=7)等人报道虽然加长shRNA可以改善原本无效的19bp shRNA的RNAi效果，但是加长shRNA对于RNAi效率已达90%的19bp shRNA没有帮助。该论文中还比较了各种长度LOOP（3～9）的RNAi效果，结果提示某些较长LOOP会抑制RNAi效果，
shRNA质粒中sense链在前还是antisense链在前，与RNAi效果无关，只要其中有与靶基因mRNA互补的片段即可(Paddison PJ, et al. Genes Dev. 2002 Apr 15;16(8):948-58)。
Paddison PJ, et al. Short hairpin RNAs (shRNAs) induce sequence-specific silencing in mammalian cells. Genes Dev. 2002 Apr 15;16(8):948-58. 免费全文网址：http://www.genesdev.org/cgi/content/full/16/8/948
该论文的RNAi实验对象之一是果蝇S2细胞，结果显示21nt siRNA以及29bp shRNA的敲减效果相似，论文中shRNA所用LOOP是4nt(UUAA)，实验结果中还提到“未显示的数据提示LOOP长度(4～23nt)效果没有明显区别”。该论文也证实19～29bp shRNA也可以在哺乳动物细胞(HEK293)中起作用。
随后很多研究单位开始采用长于19bp shRNA的设计方法，当时CSHL还在网上推出了壹个shRNA设计网页(http://katahdin.cshl.org:9331/siRNA/RNAi.cgi?type=shRNA)，虽然该网页现在已经被取消了，但是用Google检索“shRNA Katahdin”还是可发现很多文献用过该设计方法。
CSHL的Paddison PJ在一篇早期构建shRNA质粒的Protocol中（http://web.mit.edu/mmcmanus/www/home1.2files/PCR_Strategy.pdf）的确提到他们曾发现27～29bp shRNA质粒效果好于19～21bp shRNA质粒。
但是，Yu JY(Simultaneous inhibition of GSK3alpha and GSK3beta using hairpin siRNA expression vectors. Mol Ther. 2003 Feb;7(2):228-36. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?cmd=Retrieve&db=pubmed&dopt=Abstract&list_uids=12597911&query_hl=7)等人报道虽然加长shRNA可以改善原本无效的19bp shRNA的RNAi效果，但是加长shRNA对于RNAi效率已达90%的19bp shRNA没有帮助。该论文中还比较了各种长度LOOP（3～9）的RNAi效果，结果提示某些较长LOOP会抑制RNAi效果，
shRNA质粒中sense链在前还是antisense链在前，与RNAi效果无关，只要其中有与靶基因mRNA互补的片段即可(Paddison PJ, et al. Genes Dev. 2002 Apr 15;16(8):948-58)。
