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siRNA制备方法比较

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927

比较项目

 

化学合成

 

体外转录

 

RNase III 降解 dsRNA

 

siRNA
表达载体

 

PCR
表达框

 

材料需求

 

21-mer RNA
oligos(
一对 )

 

29-mer DNA oligos( 一对 )

 

转录模版 (200-1000bp ,两侧带 T7 启动子 )

 

55-60-mer DNA oligos( 一对 )

 

~50-mer DNA oligos( 一对 )

 

全部制备 / 合成时间所需时间

 

4 —2

 

24 小时 DNA oligo 合成时间

 

1 转录模版制备时间

 

5 天以上 DNA oligo 合成时间

 

~ 6 小时 DNA oligo 合成时间

 

个人所需操作时间

 

几乎不需要

 

中等

 

中等

 

 

中等

 

是否需要验证和寻找最有效 siRNA

 

需要

 

需要

 

不需要

 

需要

 

需要

 

能否标记 siRNA ( 例如用于荧光显微镜分析 siRNA 进入细胞过程或者在细胞中的定位)

 

 

 

 

不能

 

不能

 

转染的相对难易程度

 

 

 

 

 

 

可筛选性 ( 例如抗生素筛选 )

 

不可以

 

不可以

 

不可以

 

可以

 

不可以

 

能否用于长效抑制

 

不可以

 

不可以

 

不可以

 

可以(抗生素筛选)

 

不可以

 

能否大规模制备

 

可以

 

有限

 

有限

 

可以

 

有限

 

检测总体转染效率

 

不可以

 

不可以

 

不可以

 

可以

 

不可以

 

每个基因的相对费用(不包含人力)

 

 

中等

 

 

中等

 

中等

 

取决于合成后是否包含纯化、去保护,以及厂家提供的是已经退火的即用型双链还是冻干的单链

 

 

 

 

 

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