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小牛胸腺DNA的制备

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一、实验目的
1. 了解DNA的存在状态,增加感性认识。
2. 掌握DNA的制备方法以及细胞分级,细胞核 制备,细胞膜裂解和解离DNA-蛋白复合体(DNP)的技术。
3. 学习用紫外分光光度计 测定DNA含量的方法。

二、实验原理
核酸是重要的生物大分子。在细胞核 内,核酸通常是与某些组织蛋白质结合成复合物,即以脱氧核糖核蛋白(DNP)和核糖核蛋白(RNP)的形式存在。因此,在提取和制备DNA时,首先必须设法将这两类核蛋白分开。
在不同浓度的盐溶液中,RNP与DNP的溶解度有很大的差别。在低浓度的NaCl溶液中,DNP的溶解度随着NaCl浓度的增加而逐渐下降,当NaCl 浓度为0.14mol/L时,DNP的溶解度仅为其在纯水中溶解度的1%,而当NaCl浓度继续增加时,DNP的溶解度又渐次增大,当NaCl浓度增至0.5 mol/L时,DNP的溶解度约与其在纯水中的溶解度近似,当NaCl浓度继续增加至1.0 mol/L时,DNP的溶解度约为其在纯水中的溶解度的两倍,且随着盐浓度的上升,其溶解度仍继续呈增大的趋势。但RNP则与之不同,在0.14 mol/L的盐溶液中,DNP溶解度很低,而RNP的溶解度仍相当大,因此,通常采用0.14 mol/L的盐溶液来除去RNP,使DNP仍保持在沉淀中,然后使用浓盐溶液(1.7 mol/L浓度以上的NaCl)来提取DNP。
提取出DNA-蛋白质复合体(DNP)后,还必须将其中的蛋白质除去,因此,提取纯化DNA要经过以下四个步骤:
1. 制备细胞核
2. 裂解细胞核
3. 解离DNA—蛋白质复合体;
4. 从可溶性物质中分离出DNA。
小牛胸腺、猪脾、鱼精子和植物种子的胚胎等生物材料,细胞核含量比例大,因而含有丰富的DNA,是提取DNA的好材料。本实验以小牛胸腺或猪脾为材料。小牛胸腺不仅DNA含最高,而且其脱氧核糖核酸酶(DNase)的活性较低,在制备过程中由此酶所引起的DNA降解损失也较小。为了防止DNase的作用,在用于提取的缓冲液中均含有1mmol/L的EDTA(乙二胺四乙酸)螫合剂,以除去保持 DNase活性所必须的Mg++离子。为防止DNA的变性和降解,操作要尽可能在低温下进行。
本实验通过匀浆、离心得到细胞核组分,然后用SDS(十二烷基硫酸钠,sodium dodecyl sulfate)裂解核膜,释放出DNA-蛋白质复合物,再加入高浓度NaCl,以增加DNP的溶解度,然后加入氯仿—异戊醇混合液,振荡、乳化,使蛋白质变性,DNP复合物解离,离心后,DNA溶于上层水相,蛋白质沉淀夹在水相和有机相之间得以除去,最后用有机溶剂沉淀出DNA。
提取纯化后的小牛胸腺DNA用紫外分光光度法进行鉴定分析,并计算其收率和纯度。
本实验所得的DNA样品将用于实验五的Tm测定。

三、器材与试剂
器材:
1. 高速冷冻离心机,50ml塑料离心管,300ml塑料离心管
2.食品加工机和高速分散器
3. 恒温水浴
4. 磁力搅拌器
5. 量筒:50ml、250ml、500ml
6. 烧杯:100ml、500ml、1000ml
7. 具塞三角瓶:250ml
8. 小培养皿
9. 吹风机
10. 可扫描的紫外分光光度计
试剂:
a.0.01M柠檬酸钠-9mg/ml Nacl-1mmol/L EDTA ,pH 7.0,300ml
b.0.15M柠檬酸纳-1mmol/L EDTA,pH 7.0 ,300ml
c.20% SDS (公用)
d.氯仿-异戊醇(24 : 1)混合液 500ml
e.95% 乙醇和无水乙醇
f.丙酮
g.0.1mol/L NaOH

四、实验步骤
1.制备细胞核
⑴ 取小牛胸腺(或猪脾)在冰块上去除脂肪和结缔组织,切碎,称10g,放入食品加工机,加入予冷的试剂a.溶液60ml,打碎三次,每次20秒,仃20秒。将打碎后溶液倒入小烧杯,用高速分散器匀浆三次,每次20秒,仃20秒。
⑵ 将匀浆后溶液分装于两个50ml离心管,仔细平衡后,用高速冷冻离心机,4℃,10000r/min,离心10min,弃去上清(脂肪层等)留沉淀。
⑶ 将沉淀置于小烧杯,加50ml予冷a液,用高速分散器同样再匀浆分散三次,同样4℃,10000r/min,离心10min,弃去上清留沉淀。
⑷ 取出沉淀加60ml予冷b液,再高速分散二至三次,每次分散10秒,仃10秒。
2. 裂解细胞核
将悬浮液移入250ml烧杯中,在磁力搅拌器上边搅拌边滴入8ml 20% SDS,应观察到溶液明显变粘稠(报告中回答:为什么?)。用55℃水浴温热10min~15min,然后在搅拌下缓慢加入8~10g NaCl,再搅拌10min,使NaCl全溶,此时应观察到溶液变稀(为什么?)。冷却至室温。
3. 解离DNA—蛋白质复合体
⑴ 将溶液倒入250ml具塞三角瓶中,加入此溶液二分之一体积的d液(氯仿用于变性蛋白质,异戊醇用于消除泡沫,也可用异丙醇、异丁醇),剧烈振荡10min,倒入300ml离心管中,4℃,10000r/min,离心5~10min,用滴管取出上层水相,中层蛋白质界面弃去,下层有机相倒入回收并。
⑵取出的上层水相重复加d液、振荡、离心,至中层界面无混浊为止。
4. 提取DNA
⑴ 将取出的水相滴入予冷的95%乙醇中,边滴加边用玻璃棒搅拌起白色纤维状DNA沉淀。搅拌速度对产率有影响,若产出减少可补加或换新乙醇。(观察并解释实验现象)(回收乙醇)。
⑵ 搅起的DNA 置于已称重的小培养皿内,依次用95%乙醇和无水乙醇清洗纤维状DNA沉淀至无浑浊为止,最后再用丙酮清洗一次,用吹风机将DNA吹干。
⑶ 称重,并计算产率。
5. 测定DNA
⑴ 准确称取50~100mg DNA,加少量0.1mol/L NaOH溶解,加H2O定容至50ml。
⑵ 用可扫描的紫外分光光度计测定制备的DNA的紫外吸收曲线,测定A260和A280,并计算比值:A260/A280,纯DNA的此比值约为1.8。
⑶ 根据:每毫升1微克的纯DNA的A260值= 0.020,计算所得DNA的纯度,并讨论纯度较低的原因和解决办法。
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