凝胶回收常见问题分析
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未回收或回收率低
1. 胶块未全部溶解.溶解凝胶时应置于55℃水浴,不断上下颠倒,确定胶块完全溶解后再进行下一步骤。
2. 胶块太大(>400 mg).如果需要处理的胶块太大,应先将其切成小块,做两次回收或选用大量型回收 试剂 盒。
3. 电泳缓冲液pH值太高.硅胶膜在高盐及低pH值(pH≤7.5)时可结合DNA,在低盐及高pH值(pH≥8)条件下洗脱。如果电泳缓冲液pH值太高,会导致DNA无法结合或降低结合率。可在溶胶后加入 10μl KAc(pH5.0),将pH值调至7.5以下。
4. 漂洗液中未加无水乙醇.第一次使用前应在漂洗液中加入无水乙醇。漂洗液每次用后应拧紧瓶盖,以免乙醇挥发,降低回收率。
5. 洗脱缓冲液不合适.DNA只在低盐溶液中才能被洗脱,如洗脱缓冲液EB (10 mM Tris·Cl, pH8.5)或水。洗脱效率取决于pH值。最大洗脱效率在pH 7.0-8.5间。当用水洗脱时确保其pH值在此范围内。
6. 洗脱缓冲液未加在离心柱中间尤其使用较少量洗脱缓冲液时,应加在离心柱正中间,并放置1-2分钟,再离心。
7. 加入异丙醇后产生雾状和凝胶状沉淀。这种现象可能是盐沉淀,颠倒混合样品沉淀就会消失。 或者是胶块没有完全溶解,此时可将混合物加入离心柱,离心,在离心柱中再加入0.5 ml 溶胶液室温放置1min,离心即可出去剩余 琼脂 糖凝胶。
回收后的片段无法用于后续实验,如连接等
1. 洗出液中含乙醇。洗脱时硅胶膜或硅胶树脂上有漂洗缓冲液残留,会使洗脱产物中含有乙醇,影响下游操作。在洗脱前可通过再次离心或置于50℃烤箱中5-10分钟,彻底去除漂洗缓冲液。
2. 洗出液中污染有 琼脂 糖。凝胶未全部溶解。
3. 洗脱产物含有ssDNA,表现为在琼脂糖电泳上呈小弥散带。将洗脱产物95℃加热 2 min,慢慢冷却到室温,使单链DNA重新退火复性即可。
1. 胶块未全部溶解.溶解凝胶时应置于55℃水浴,不断上下颠倒,确定胶块完全溶解后再进行下一步骤。
2. 胶块太大(>400 mg).如果需要处理的胶块太大,应先将其切成小块,做两次回收或选用大量型回收 试剂 盒。
3. 电泳缓冲液pH值太高.硅胶膜在高盐及低pH值(pH≤7.5)时可结合DNA,在低盐及高pH值(pH≥8)条件下洗脱。如果电泳缓冲液pH值太高,会导致DNA无法结合或降低结合率。可在溶胶后加入 10μl KAc(pH5.0),将pH值调至7.5以下。
4. 漂洗液中未加无水乙醇.第一次使用前应在漂洗液中加入无水乙醇。漂洗液每次用后应拧紧瓶盖,以免乙醇挥发,降低回收率。
5. 洗脱缓冲液不合适.DNA只在低盐溶液中才能被洗脱,如洗脱缓冲液EB (10 mM Tris·Cl, pH8.5)或水。洗脱效率取决于pH值。最大洗脱效率在pH 7.0-8.5间。当用水洗脱时确保其pH值在此范围内。
6. 洗脱缓冲液未加在离心柱中间尤其使用较少量洗脱缓冲液时,应加在离心柱正中间,并放置1-2分钟,再离心。
7. 加入异丙醇后产生雾状和凝胶状沉淀。这种现象可能是盐沉淀,颠倒混合样品沉淀就会消失。 或者是胶块没有完全溶解,此时可将混合物加入离心柱,离心,在离心柱中再加入0.5 ml 溶胶液室温放置1min,离心即可出去剩余 琼脂 糖凝胶。
回收后的片段无法用于后续实验,如连接等
1. 洗出液中含乙醇。洗脱时硅胶膜或硅胶树脂上有漂洗缓冲液残留,会使洗脱产物中含有乙醇,影响下游操作。在洗脱前可通过再次离心或置于50℃烤箱中5-10分钟,彻底去除漂洗缓冲液。
2. 洗出液中污染有 琼脂 糖。凝胶未全部溶解。
3. 洗脱产物含有ssDNA,表现为在琼脂糖电泳上呈小弥散带。将洗脱产物95℃加热 2 min,慢慢冷却到室温,使单链DNA重新退火复性即可。