基因组测序
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基因组测序
在1995年第二个微生物基因组的完整序列发表之后，BarryBloom博士(哈佛大学公共卫生学院院长)在“Nature’杂志的一篇评论中总结了基于基因组学方法在研究病原微生物方面的潜力(Bloom，1995)。他在这篇文章中写道：现代基因组测序技术的作用意味着25种主要细菌和寄生病原体的完整基因组序列可以在未来5年内获得。总共投入大约1亿美元，就可以得到一个病原体的所有毒性决定簇序列、蛋白抗原和药物靶标。这表示对每一病原体的一次性投资可以得到大量信息，而且可在任何时候获得这些信息。我们可以设想微生物学的一个新后基因组时代的到来。
实际上，科学家们已经超越了这一目标。在世界各地的实验室中，基因组学研究已经得到了超过80个物种的完整基因组序列，包括主要的与人类、动物和植物相关的细菌类、真菌类和寄生的病原体。
人类细菌病原体的基因组相对较小(0．5～10Mb)，适于采用全基因组鸟枪法测序策略(Fraser和Fleischmann，1997；Frangeul等，1999)。随机鸟枪法测序策略已经被证明是稳定的，应用于具有不同特性的基因组时也是成功的。这些特性包括：基因组大小的变化、碱基组成中G+C含量(％)、出现的各种重复元件、插入序列(赐)元件、多染色体分子和质粒。这种方法首先应用于流感嗜血杆菌的测序(Fleisehmann等，1995)，步骤如图所示。
细菌病原体全基因组鸟枪法测序的主要步骤和基因组信息分析
