链霉菌基因组测序显示为大肠杆菌

我对天蓝色链霉菌做敲除，然后对构建的突变株进行全基因组测序，结果显示是大肠杆菌的序列，后续怀疑可能是染菌导致。然后重新平板活化，液体培养后先做16S菌株鉴定，结果仍是大肠杆菌。

请问各位，这种情况该作何分析和解决呢？