鉴定与顺式作用元件相互作用的转录因子
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鉴定与顺式作用元件相互作用的转录因子
对启动子DNA结合蛋白的研究方法可分为两类：
①细胞内方法，以已知启动子DNA序列筛选出与其相结合的蛋白编码基因，通过生物信息分析来确定该蛋白质 的名称。由于是细胞内筛选，因此更符合生理状态，且操作简便，适合大通量筛选，用于寻找未知基因及蛋白质。不足之处有两个方面：一是只能筛选可与启动子DNA特异性结合的蛋白质(如为筛选蛋白质已足够了)，但不能检查出精确的蛋白质结合位点。二是特异性有时略差。这类方法包括酵母单杂交技术、噬菌体表面展示技术等。
②细胞外法，即在体外用重组的已知蛋白质与启动子DNA结合。其特异性好，且能够在启动子DNA序列上找到精确的蛋白质结合位点。但这种方法效率低，操作复杂，一般不用于寻找未知基因及蛋白质。这类方法包括凝胶阻滞试验(gelretardationassay；也称为凝胶迁移滞留试验法，electrophoretic mobility shift assays，EMSA)、DNaseI足迹试验(DNaselfoot―printingassay)、染色质免疫沉淀分析(ChiP)、酵母单杂交技术等。数据库检索法有助于鉴定与DNA元件结合的蛋白质。
数据库检索法能提供与某元件特异性结合的蛋白质或蛋白质家族的有关信息，省时省力，可以立即进行实验以确定数据库检索到的蛋白质是否是相关性调节因子。可以通过检索TRANSFAC数据库获得相关的信息。该方法最致命的缺点是全新的蛋白质不存在于数据库中，或数据库中可识别序列的信息不完全或不确切。
