如何在DNA序列中找到序列标签位点（ESTs）

NCBI的“electronic PCR（e-PCR）”工具是UniSTS资源库的一部分，可以用来寻找一段目的DNA片段中的STS标记物。UniSTS (http://www.ncbi.nih.gov/genome/sts/ ) 能提供所有有关STS标记物的资料，包括引物序列、产物大小、作图信息和别名。与之相链接的其他NCBI资源如Entrez、LocusLink 和MapViewer 也同样提供这些信息。e-PCR通过搜寻具有正确的方向和间距的序列且这个序列能代表用于扩增STSs的PCR引物，来寻找一段DNA序列中潜在的STSs。

先在NCBI主页上（http://www.ncbi.nlm.nih.gov/ ）找到e-PCR的主页，然后在右手栏点击“Electronic PCR”链接。再在e-PCR主页的上端大的文本框内粘贴上目的基因序列或键入登陆号（accession number）。例如某个序列的登录号是AF288398，结果显示该序列只包含一个STS： stSG47693（或RH92759），位于此序列的2102和2232核苷之间。当点击“Marker”下标记物的名称时，从UniSTS中出现STS的详细资料。引物的信息、PCR产物大小以及标记物的替代名称也出现在主页的上端。在不同的图谱中，STSs常有不同的名称。

在“Cross-references”栏目下的 LocusLink、UniGene 和 the Genebridge 4中，将显示这个STS的定位图。在“mapping information”部分包含能链接到NCBI 的“MapViewer”浏览器。在主页的下端是“Electronic PCR results”，显示了其他序列，包括contigs（重叠群）、mRNAs和包含这个STS标记物的ESTs。

为了在所有图谱中看到STS标记物及其基因组的状况，则在“Mapping Information”部分的上端点击链接标志 “MapViewer” ，这个图谱浏览器会出现两张图谱。请注意，在这个视窗里，STS stSG47693被称为RH92759（用粉红色强调）。99�CGenebridge 4 (GM99_GB4，位于左边)基因图谱上有46000个STS 标记被国际放射杂交协会定位到GB4杂交面板上。

STS图谱（位于右边）显示了如何使用e-PCR将STSs序列放置到基因组序列组装。灰色线将两个图谱的标记物连接起来，而红色线条显示STS RH92759在两张图谱中的位置。在这个区域，STS图谱中共有211个STSs，但在这个视窗里只标记了20个。在STS图谱的右边，点击绿色和黄色圆圈会出现STS标记物的图谱。通过左边工具条的缩放工具，可以放大或缩小这个视窗。