聚合酶链反应
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聚合酶链反应(Polymerase Chain Reaction)简称PCR,是一项在短时间内大量扩增特定的DNA片段的分子生物学技术。
开发史
这项技术的发明人是Kary Mullis.1983年,在一家生物高技术公司(Cetus)工作的Mullis着手解决用简单的方法鉴定某一段DNA的技术问题,有一天晚上他驱车在北部加州101号高速公路上,灵机一动想到了一个实际上可以无限扩增某段DNA的简单方法,即PCR。在1985年的一次学术会议上,此方法首次被介绍,在分子生物科学家中也引起了链反应。大家很快地纷纷采用这个方法,很多人还很奇怪自己怎么没有首先想到这么做。Cetus给了Mullis一万美元的奖金,随后把这项技术的专利以三亿美元的价格转让给另一家生物高技术公司。在短短的几年内,PCR迅速成为分子生物学的一项常规手段,并得到了广泛的实际应用,被许多科学家视为近十年来分子生物学领域最重要的一项技术突破。1993年,Mullis因此获得诺贝尔化学奖。
原理和方法
众所周知,DNA是由四种碱基按互补配对原则(即腺嘌呤A对胸腺嘧啶T,鸟嘌呤G对胞嘧啶C)组成的螺旋双链。在细胞内,DNA复制时,解螺旋酶首先解开双链让它变成单链做为模板,然后,另一种酶--RNA聚合酶合成一小段引物(primer)结合到DNA模板上,最后,DNA合成酶以这段引物为起点,合成与DNA模板配对的新链。PCR即是在体外模拟DNA复制的过程,它用加热的办法让所研究的DNA片段变性变成两条单链,人工合成两个引物让它们结合到DNA模板的两端,DNA聚合酶即可以大量复制该模板。
假定我们要研究的DNA双链两端的序列是:
TATTCGGGCTTTCCAAGCAACTAG.。.。.。.。.。.GATCTATCCAACGGCTAGGCATTT
ATAAGCCCGAAAGGTTCGTTGATC.。.。.。.。.。.CTAGATAGGTTGCCGATCCGTAAA
在PCR之前,我们首先人工合成两段有20-30碱基的引物,能够分别与上下两条链的一端配对,比如一条是(为与模板能够区别,以小写表示):ataagcccgaaaggttcgtt,另一条就是tttacggatcggcaacctat.把这两段引物和DNA模板、DNA聚合酶、底物(四种脱氧核苷)混合在一起,我们就可以开始做PCR了。
第一步叫“变性”,把样品加热到94-96摄氏度一到数分钟,让DNA模板变性变成单链。
第二步叫“退火”,让样品的温度下降到50-65摄氏度一到数分钟,引物就可以结合到模板上去。
TATTCGGGCTTTCCAAGCAACTAG.。.。.。.GATCTATCCAACGGCTAGGCATTT
ataagcccgaaaggttcgtt
tatccaacggctaggcattt
ATAAGCCCGAAAGGTTCGTTGATC.。.。.。.CTAGATAGGTTGCCGATCCGTAAA
第三步叫“延伸”,让样品的温度上升到72摄氏度一到数分钟,DNA聚合酶就可以从引物开始用底物复制出新链。
TATTCGGGCTTTCCAAGCAACTAG.。.。.。.。GATCTATCCAACGGCTAGGCATTT
ataagcccgaaaggttcgttGATC.。.。.。.。CTAGATAGGTTGCCGATCCGTAAA
TATTCGGGCTTTCCAAGCAACTAG.。.。.。.。GATCtatccaacggctaggcattt
ATAAGCCCGAAAGGTTCGTTGATC.。.。.。.。CTAGATAGGTTGCCGATCCGTAAA
这样经过三步一个循环,一条双链就变成了两条,再来一个循环,就变成了四条……在一个由计算机控制的循环加热器上经过三十个循环,就可以把原来的样品精确地扩增了2的30次方倍,而这只需要两三个小时。
PCR要成功,必须要有能够忍耐高温、在高温下仍然能有活性的DNA聚合酶。这种酶可从生活在温泉中的细菌中提取,其中最常用的一种叫Taq聚合酶。野生型的Taq聚合酶保真度较差,在复制比较长的模板时容易发生点突变。通过遗传工程,我们已获得了高保真度的Taq聚合酶,大大提高了PCR复制的精确程度。
应用
在分子生物学基础研究上,PCR被广泛地用于基因克隆和制造突变。
在临床医学上,PCR被用于鉴别遗传疾病和快速检测病毒、病菌感染。用传统的方法,要检测病毒、病菌的感染需要把病原体培养数周才能鉴定,而现在用PCR,即可以迅速判断人体细胞(比如血液细胞)中是否存在病毒、病菌的DNA(比如HIV的DNA)而确诊。
在法医上,PCR目前已成为发现罪证的重要方法。比如,0·1微升的唾液痕迹所含的DNA就可以通过PCR扩增而获得足够量的DNA进行测序鉴定罪犯。毛发、血迹、唾沫、精液因此都可以成为重要的罪证。
利用PCR技术,科学家们已从林肯的头发和血液、埃及的木乃伊、琥珀中八千万年前的昆虫、恐龙的骨头等不寻常的样品中提取了足够的DNA进行研究。博物馆中的化石标本都有可能成为遗传学的研究对象,一门分子古生物学因此诞生。