RNA相关名词
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1.RNAi:
近年来的研究表明,一些小的双链RNA可以高效、特异的阻断体内特定基因表达,促使mRNA降解,诱使细胞表现出特定基因缺失的表型,称为RNA干扰(RNA interference,RNAi,也译作RNA干预或者干涉)。它也是体内抵御外在感染的一种重要保护机制。
2.siRNA:
siRNA(small interfering RNAs)是一种短片断双链RNA分子,能够以同源互补序列的mRNA为靶目标降解特定的mRNA,这个过程就是RNA干扰途径(RNA interference pathway)。
3.RISC:
在RNAi效应阶段,siRNA双链结合一个核酶复合物从而形成所谓RNA诱导沉默复合物(RNA-induced silencing complex, or RISC)。激活RISC需要一个ATP依赖的将siRNA解双链的过程。激活的RISC通过碱基配对定位到同源mRNA转录本上,并在距离siRNA3'端12个碱基的位置切割mRNA(3, 18, 27, 29)。尽管切割的精确机制现在还是未知,研究表明每个RISC都包含一个siRNA和一个不同于Dicer的RNA酶。
4.Dicer:
Dicer的酶,是RNaseIII家族中特异识别双链RNA的一员,能以一种ATP依赖的方式逐步(processive)切割由外源导入或者由转基因、病毒感染等各种方式引入的双链RNA,切割将RNA降解为19―21bp的双链RNAs(siRNAs),每个片断的3'端都有2个碱基突出(27, 28)。
5.PTGS:
Post-transcriptional Gene Silencing (PTGS) 部分的植物中的基因沉默是在转录后发生的,称为post-transcriptional gene silencing。它是相对于部分植物中发生的转录阶段的基因沉默(PGS)而言的。
6.基因沉默:
研究结果发现有大量的转基因植株不能正常表达,通常这并不是由于转基因的缺失或突变引起的,而是基因失活的结果.这种失活的现象称为基因沉默。
7.RNA transfection:
即RNA转染。
8.Sense RNA:
正义RNA。
9.Antisense RNA:
反义RNA。
10.19+2+2 nt siRNA:
在细胞中双链RNA一般都被切割成21-23小片段,这样的RNA片段能达到更好的RNAi作用。人工合成的siRNA也是依据这个原理,所合成的RNA就是19nt的碱基序列再加上两端的识别序列如-GG,-TT等。
11.BLAST:
Basic Local Alignment Search Tool,基本的基于局部对准的搜索工具;一种快速查找与给定序列具有连续相同片断的序列的技术。
12.Entrez:
美国国家生物技术信息中心所提供的在线资源检索器。该资源将GenBank序列与其原始文献出处链接在一起。
13.NCBI:
美国国立生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information),为美国国家医学图书馆(NLM)和国家健康协会(NIH)下属部门之一,1988年设立。主要提供生物医学领域的信息学服务,如世界三大核酸数据库之一的GenBank数据库,PubMed医学文献检索数据库等。
14.GenBank:
GenBank 是 NIH 的基因序列数据库,是所有公开的DNA序列的集合 ( Nucleic Acids Research 1998 Jan 1;26(1):1-7). 截至1998年12月,GenBank大约收集了 2,162,000,000 个碱基、3,044,000 个序列。
15.DUST:
A program for filtering low complexity regions from nucleic acid sequences。
16.Ribosomal RNA:
核糖体RNA,简写为rRNA。是一组存在于核糖体中的RNA分子。
17.UniGene:
美国国家生物技术信息中心提供的公用数据库,该数据库将GenBank中属于同一条基因的所有片断拼接成完整的基因进行收录。