[分享]从RNA抽提到电泳鉴定(原创)
丁香园论坛
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RNA抽提
一， 准备工作
1， 实验器具与材料：
（1） 移液枪：1ml、200ul、10ul
（2） 吸头：1ml、200ul、20ul
（3） 吸头台：放置1ml吸头的一个，放置200ul和20ul的吸头一个
（4） EP管1.5ml、100ul
（5） 玻璃研磨器
（6） 容量瓶：1000ml
（7） 盐水瓶：100ml
（8） 15ml塑料管一个（配75％乙醇用）
2， 实验器具的处理与准备
（1） 塑料制品：（包括吸头、EP管等）
将塑料制品逐个浸泡于1‰DEPC水中（必要时小枪头需要用吸管打入DEPC水）37℃过夜，然后送至高压3次，后在80℃烘烤箱中烘干（或置于37℃中8小时左右烘干），试验前将枪头放入吸头台。
（2） 玻璃制品：（主要是玻璃研磨器）
先泡酸过夜，冲洗干净后，在1‰DEPC水中泡8小时左右，37℃烘干，用蒙锡纸包裹送至干烤3次。
（3） 金属制品：（镊子等）
先洗干净，再送干烤3次。（不需要泡DEPC水）
3， 试剂配制和准备：
（1） DEPC水：泡实验器具的DEPC水的配制：1000ml双蒸水中加1mlDEPC，放在1000ml容量瓶中静置4小时后备用。配75％乙醇的DEPC水的配制：100ml盐水瓶内装40ml双蒸水，加40ulDEPC，37℃过夜，送至高压。
（2） 75％乙醇（要在抽提时现配）：用无水乙醇和DEPC水配制（DEPC水:无水乙醇＝1:3），然后放于-20℃备用。
（3） 异丙醇：放入棕色瓶
（4） 氯仿：放入棕色瓶
（5） Trizol：100ml/瓶 存放于4℃
二， 抽提时注意事项：
全程佩戴一次性手套和口罩，手套要勤换，避免戴上的一次性的手套接触可疑污染物。
三， 抽提步骤
1． 匀浆化作用
取约100mg鼠脑组织放于玻璃研磨器内，先加0.2ml的Trizol溶液，研磨组织后，倒入1.5mlEP管中，再在研磨器内加入0.8ml的Trizol溶液洗，后全部再倒入EP管中。颠倒混匀10下，室温静置5分钟。
2． 分离阶段
每1mlTrizol中加0.2ml氯仿。盖紧样品管盖，用手用力摇晃试管15秒，使其充分混匀，室温静置5分钟。后12000rmp离心15分钟。
3． RNA的沉淀
将上层水相转入新的1.5mlEP管中（约400-500ul），加入0.5ml异丙醇，混匀后放于-20℃中1小时，后12000rmp离心10分钟。
4． RNA的洗脱
小心倒掉上清，留取沉淀。加1ml现配的75%的乙醇（预冷）振荡洗涤RNA沉淀一次，后7500rmp离心5分钟。
5． RNA的再溶解
小心倒掉上清，取沉淀置超净工作台开风机吹干（约30分钟，此时RNA沉淀变透明）。注意不能让RNA沉淀完全干燥（会极大地降低它地可溶性）。再在管中加20ul的DEPC水溶解，在55-60℃下孵育10分钟助溶。
6，RNA的保存
提取的RNA保存于-70℃超低温冰箱中，或立即用于逆转录。
TRIzol法抽提总RNA
组织100mg
↓
加1mlTRIzol
↓
匀浆（要彻底，后转至EP管）
（组织匀浆量>100mg时分装1ml/每EP管）
↓
颠倒混匀10下，室温5分钟
↓
加氯仿1/5体积（0.2ml）（必须按总体积的1/5）
↓
颠倒混匀15S，室温5分钟
↓
4℃，离心12000rmp，15分钟
↓
转上层水相（约400-500μl）于另一新1.5mlEP管中
↓
加等体积异丙醇（约400 -500μl），混匀后-20℃中1小时
↓
4℃，离心12000rmp，10分钟
↓
弃上清
↓
加冰预冷的75%乙醇（用高压后的DEPC水配）1ml
↓
4℃离心7500rmp，5分钟
↓
弃上清，超净工作台开风机干燥约30分钟（不能完全干燥）
↓
溶于DEPC水中至20μl（10μl-20μl）
（可在55-60℃水中，<10分钟助溶）
↓
立即保存于-70℃超低温冰箱中，或立即用于逆转录
逆转录（RT）
一， 准备工作
1， 实验器具与材料：
（1）移液枪：200ul、10ul
（2）吸头：200ul、20ul
（3）EP管1.5ml、100ul
（4）水浴箱
2，实验器具的处理与准备
塑料制品：（包括吸头、EP管等）
将塑料制品逐个浸泡于1‰DEPC水中（必要时小枪头需要用吸管打入DEPC水）37℃过夜，然后送至高压3次，后在80℃烘烤箱中烘干（或置于37℃中8小时左右烘干），试验前将枪头放入吸头台。
3，试剂配制和准备：
（1）DEPC水：泡实验器具的DEPC水的配制：1000ml双蒸水中加1mlDEPC，放在1000ml容量瓶中静置4小时后备用。逆转录中所用的DEPC水的配制：100ml盐水瓶内装40ml双蒸水，加40ulDEPC，37℃过夜，送至高压，后分装到几个1.5mlEP管中，-20℃中保存备用。
（2）RT中所需要的各种试剂
（3）引物浓度计算方法： （新合成的引物的稀释）
假如终浓度为X uM(pmol/ul)
加DEPC水体积（ul）＝（OD×33×1000000）/（分子量×X）
二， RT时注意事项：
为避免RNA酶污染，在RT中仍要佩戴一次性手套和口罩。
三， RT步骤
用SSⅢ逆转录酶进行RT（20ul体积）
1， 准备0.65ml的EP管
2， 冰上操作：在EP管中加入10ulDEPC水，1ul引物，1ul模板RNA，1uldNTP，短暂离心。
3， 65℃水浴5分钟后，立刻0℃冰水浴至少1分钟。
4， 短暂离心后，冰上操作：加入4ul 5×First-Strand Buffer，1ul 0.1MDTT，1ul RNAse Inhibitor，1ul SSⅢ逆转录酶。
5， 短暂离心
6， 50℃水浴60分钟进行逆转录。
7， 70℃水浴15分钟灭活逆转录酶
8， -20℃保存，或立即进行PCR。
用AMV逆转录酶进行RT（10ul体积）
1， 准备0.65mlEP管
2， 加入4.5ul DEPC水，1ul引物，1ul模板RNA
3， 稍离心，100℃沸水裕1min
4， 加入0.5uldNTP，2ul 5×Buffer，1ul AMV逆转录酶
5， 稍离心，封口膜封口，42℃水浴90℃作RT
6， 100℃沸水裕3min灭活AMV
7， 立即PCR或-70℃保存。
聚合酶链式反应（PCR）
二， 准备工作
8， 实验器具与材料：
（1）移液枪：200ul、10ul
（2）吸头：200ul、20ul
（3）吸头台：放置200ul和20ul的吸头一个
（4）EP管1.5ml、100ul
2，实验器具的处理与准备
(1) 塑料制品：（包括吸头、EP管等）
送至高压3次，试验前将枪头放入吸头台。
3, 试剂配制和准备：
(1) 双蒸水： 100ml盐水瓶内装40ml蒸馏水，送至高压，后分装到几个1.5mlEP管中，-20℃中保存备用。
(2) PCR中所需要的各种试剂
三， PCR时注意事项：
佩戴一次性手套，同时避免戴上的一次性的手套接触可疑污染物。
四， PCR步骤
1， 准备100ul EP管
2， 依次在管中加入：（50ul反应体系）
ddH2O 37.5ul ×？
10mM dNTP 1ul ×？
10×PCR buffer 5ul ×？
25mM Mgcl2 （加之前要摇匀） 3ul ×？
上游引物 1ul ×？
下游引物 1ul ×？
模板cDNA 1ul
3， 稍离心
4， 100℃沸水浴1分钟
5， 趁热加入Tag酶0.5ul（冰上操作）
6， 再加入50ul液体石蜡封闭
7， 10000rmp离心1分钟
8， PCR条件
94℃ 1min
58℃ 50sec
72℃ 1min30sec
进行40个循环，然后72℃ 10min 完后4℃保温。
9，10000rmp离心5min
10，将下层水相转入新的0.65mlEP管中，-20℃保存。
电泳鉴定
一，准备工作
1，实验器具与材料：
（1）移液枪：10ul
（2）吸头：20ul
（3）吸头台：放置200ul和20ul的吸头一个
（4）三角烧瓶：50ml一个
（5）琼脂糖
2，实验器具的处理与准备
(1) 塑料制品：（包括吸头等）
送至高压3次，试验前将枪头放入吸头台。
（2）电泳板及电泳槽：
用自来水冲洗干净备用
3, 试剂配制和准备：
(1) 电泳缓冲液（TAE）：
先配制0.5mol/L,PH8.0的EDTA溶液：将37.2g EDTA-Na加入160ml蒸馏水中，在搅拌器上剧烈搅拌。在用NaOH调节溶液PH值至8.0（约需4gNaOH）。用蒸馏水定容至200ml。后送至高压灭菌。室温保存。
再配制50×TAE溶液：在400ml蒸馏水中溶解121g Tris碱，加入28.55ml冰乙酸和50ml 0.5ml/L EDTA溶液，再加蒸馏水定容至500ml，室温保存。
（2）琼脂糖溶液（1.0％）：
50×TAE溶液取10ml，稀释成500ml，取50ml溶解0.5g琼脂糖，电炉上煮至沸腾，溶化的琼脂物冷却至60℃左右时加入10mg/ml EB 5ul，充分混匀，将温热的凝胶倒入已置好梳子的电泳板中，在室温下放置45min左右后进行电泳。
（3）溴化乙锭（EB）（10mg/ml）：
在20ml水中加入0.2g溴化乙锭，磁力搅拌数小时。然后用铝箔包裹容器或将溶液转移至棕色瓶中，室温保存。
（4）加样缓冲液（Loading Buffer）一般为6×Loading Buffer
二，电泳鉴定时注意事项：
佩戴一次性手套，避免皮肤接触EB。无路做胶还是电泳缓冲液尽量用新的，不要超过两周。
五， 电泳步骤
1， 50×TAE取10ml稀释成500ml，取50ml溶解0.5g琼脂糖。电炉上煮沸后加入EB 5ul。另外450ml TAE倒入电泳槽中。
9， 用透明胶封闭电泳板，琼脂糖溶液冷却至温热时，倒入带梳子的电泳板中，冷却后，拔出梳子，放入电泳槽中。
10， 加样：PCR Marker：1ul Marker＋1ul Loading Buffer＋4ul TAE混匀于塑料膜上，加入孔中。PCR样品：5ul 样品DNA＋1ul Loading Buffer 混匀后依次加入孔中。
11， 接上电源，电压120V，电流50mA进行电泳。
12， 电泳约1小时后，紫外灯检测。
一， 准备工作
1， 实验器具与材料：
（1） 移液枪：1ml、200ul、10ul
（2） 吸头：1ml、200ul、20ul
（3） 吸头台：放置1ml吸头的一个，放置200ul和20ul的吸头一个
（4） EP管1.5ml、100ul
（5） 玻璃研磨器
（6） 容量瓶：1000ml
（7） 盐水瓶：100ml
（8） 15ml塑料管一个（配75％乙醇用）
2， 实验器具的处理与准备
（1） 塑料制品：（包括吸头、EP管等）
将塑料制品逐个浸泡于1‰DEPC水中（必要时小枪头需要用吸管打入DEPC水）37℃过夜，然后送至高压3次，后在80℃烘烤箱中烘干（或置于37℃中8小时左右烘干），试验前将枪头放入吸头台。
（2） 玻璃制品：（主要是玻璃研磨器）
先泡酸过夜，冲洗干净后，在1‰DEPC水中泡8小时左右，37℃烘干，用蒙锡纸包裹送至干烤3次。
（3） 金属制品：（镊子等）
先洗干净，再送干烤3次。（不需要泡DEPC水）
3， 试剂配制和准备：
（1） DEPC水：泡实验器具的DEPC水的配制：1000ml双蒸水中加1mlDEPC，放在1000ml容量瓶中静置4小时后备用。配75％乙醇的DEPC水的配制：100ml盐水瓶内装40ml双蒸水，加40ulDEPC，37℃过夜，送至高压。
（2） 75％乙醇（要在抽提时现配）：用无水乙醇和DEPC水配制（DEPC水:无水乙醇＝1:3），然后放于-20℃备用。
（3） 异丙醇：放入棕色瓶
（4） 氯仿：放入棕色瓶
（5） Trizol：100ml/瓶 存放于4℃
二， 抽提时注意事项：
全程佩戴一次性手套和口罩，手套要勤换，避免戴上的一次性的手套接触可疑污染物。
三， 抽提步骤
1． 匀浆化作用
取约100mg鼠脑组织放于玻璃研磨器内，先加0.2ml的Trizol溶液，研磨组织后，倒入1.5mlEP管中，再在研磨器内加入0.8ml的Trizol溶液洗，后全部再倒入EP管中。颠倒混匀10下，室温静置5分钟。
2． 分离阶段
每1mlTrizol中加0.2ml氯仿。盖紧样品管盖，用手用力摇晃试管15秒，使其充分混匀，室温静置5分钟。后12000rmp离心15分钟。
3． RNA的沉淀
将上层水相转入新的1.5mlEP管中（约400-500ul），加入0.5ml异丙醇，混匀后放于-20℃中1小时，后12000rmp离心10分钟。
4． RNA的洗脱
小心倒掉上清，留取沉淀。加1ml现配的75%的乙醇（预冷）振荡洗涤RNA沉淀一次，后7500rmp离心5分钟。
5． RNA的再溶解
小心倒掉上清，取沉淀置超净工作台开风机吹干（约30分钟，此时RNA沉淀变透明）。注意不能让RNA沉淀完全干燥（会极大地降低它地可溶性）。再在管中加20ul的DEPC水溶解，在55-60℃下孵育10分钟助溶。
6，RNA的保存
提取的RNA保存于-70℃超低温冰箱中，或立即用于逆转录。
TRIzol法抽提总RNA
组织100mg
↓
加1mlTRIzol
↓
匀浆（要彻底，后转至EP管）
（组织匀浆量>100mg时分装1ml/每EP管）
↓
颠倒混匀10下，室温5分钟
↓
加氯仿1/5体积（0.2ml）（必须按总体积的1/5）
↓
颠倒混匀15S，室温5分钟
↓
4℃，离心12000rmp，15分钟
↓
转上层水相（约400-500μl）于另一新1.5mlEP管中
↓
加等体积异丙醇（约400 -500μl），混匀后-20℃中1小时
↓
4℃，离心12000rmp，10分钟
↓
弃上清
↓
加冰预冷的75%乙醇（用高压后的DEPC水配）1ml
↓
4℃离心7500rmp，5分钟
↓
弃上清，超净工作台开风机干燥约30分钟（不能完全干燥）
↓
溶于DEPC水中至20μl（10μl-20μl）
（可在55-60℃水中，<10分钟助溶）
↓
立即保存于-70℃超低温冰箱中，或立即用于逆转录
逆转录（RT）
一， 准备工作
1， 实验器具与材料：
（1）移液枪：200ul、10ul
（2）吸头：200ul、20ul
（3）EP管1.5ml、100ul
（4）水浴箱
2，实验器具的处理与准备
塑料制品：（包括吸头、EP管等）
将塑料制品逐个浸泡于1‰DEPC水中（必要时小枪头需要用吸管打入DEPC水）37℃过夜，然后送至高压3次，后在80℃烘烤箱中烘干（或置于37℃中8小时左右烘干），试验前将枪头放入吸头台。
3，试剂配制和准备：
（1）DEPC水：泡实验器具的DEPC水的配制：1000ml双蒸水中加1mlDEPC，放在1000ml容量瓶中静置4小时后备用。逆转录中所用的DEPC水的配制：100ml盐水瓶内装40ml双蒸水，加40ulDEPC，37℃过夜，送至高压，后分装到几个1.5mlEP管中，-20℃中保存备用。
（2）RT中所需要的各种试剂
（3）引物浓度计算方法： （新合成的引物的稀释）
假如终浓度为X uM(pmol/ul)
加DEPC水体积（ul）＝（OD×33×1000000）/（分子量×X）
二， RT时注意事项：
为避免RNA酶污染，在RT中仍要佩戴一次性手套和口罩。
三， RT步骤
用SSⅢ逆转录酶进行RT（20ul体积）
1， 准备0.65ml的EP管
2， 冰上操作：在EP管中加入10ulDEPC水，1ul引物，1ul模板RNA，1uldNTP，短暂离心。
3， 65℃水浴5分钟后，立刻0℃冰水浴至少1分钟。
4， 短暂离心后，冰上操作：加入4ul 5×First-Strand Buffer，1ul 0.1MDTT，1ul RNAse Inhibitor，1ul SSⅢ逆转录酶。
5， 短暂离心
6， 50℃水浴60分钟进行逆转录。
7， 70℃水浴15分钟灭活逆转录酶
8， -20℃保存，或立即进行PCR。
用AMV逆转录酶进行RT（10ul体积）
1， 准备0.65mlEP管
2， 加入4.5ul DEPC水，1ul引物，1ul模板RNA
3， 稍离心，100℃沸水裕1min
4， 加入0.5uldNTP，2ul 5×Buffer，1ul AMV逆转录酶
5， 稍离心，封口膜封口，42℃水浴90℃作RT
6， 100℃沸水裕3min灭活AMV
7， 立即PCR或-70℃保存。
聚合酶链式反应（PCR）
二， 准备工作
8， 实验器具与材料：
（1）移液枪：200ul、10ul
（2）吸头：200ul、20ul
（3）吸头台：放置200ul和20ul的吸头一个
（4）EP管1.5ml、100ul
2，实验器具的处理与准备
(1) 塑料制品：（包括吸头、EP管等）
送至高压3次，试验前将枪头放入吸头台。
3, 试剂配制和准备：
(1) 双蒸水： 100ml盐水瓶内装40ml蒸馏水，送至高压，后分装到几个1.5mlEP管中，-20℃中保存备用。
(2) PCR中所需要的各种试剂
三， PCR时注意事项：
佩戴一次性手套，同时避免戴上的一次性的手套接触可疑污染物。
四， PCR步骤
1， 准备100ul EP管
2， 依次在管中加入：（50ul反应体系）
ddH2O 37.5ul ×？
10mM dNTP 1ul ×？
10×PCR buffer 5ul ×？
25mM Mgcl2 （加之前要摇匀） 3ul ×？
上游引物 1ul ×？
下游引物 1ul ×？
模板cDNA 1ul
3， 稍离心
4， 100℃沸水浴1分钟
5， 趁热加入Tag酶0.5ul（冰上操作）
6， 再加入50ul液体石蜡封闭
7， 10000rmp离心1分钟
8， PCR条件
94℃ 1min
58℃ 50sec
72℃ 1min30sec
进行40个循环，然后72℃ 10min 完后4℃保温。
9，10000rmp离心5min
10，将下层水相转入新的0.65mlEP管中，-20℃保存。
电泳鉴定
一，准备工作
1，实验器具与材料：
（1）移液枪：10ul
（2）吸头：20ul
（3）吸头台：放置200ul和20ul的吸头一个
（4）三角烧瓶：50ml一个
（5）琼脂糖
2，实验器具的处理与准备
(1) 塑料制品：（包括吸头等）
送至高压3次，试验前将枪头放入吸头台。
（2）电泳板及电泳槽：
用自来水冲洗干净备用
3, 试剂配制和准备：
(1) 电泳缓冲液（TAE）：
先配制0.5mol/L,PH8.0的EDTA溶液：将37.2g EDTA-Na加入160ml蒸馏水中，在搅拌器上剧烈搅拌。在用NaOH调节溶液PH值至8.0（约需4gNaOH）。用蒸馏水定容至200ml。后送至高压灭菌。室温保存。
再配制50×TAE溶液：在400ml蒸馏水中溶解121g Tris碱，加入28.55ml冰乙酸和50ml 0.5ml/L EDTA溶液，再加蒸馏水定容至500ml，室温保存。
（2）琼脂糖溶液（1.0％）：
50×TAE溶液取10ml，稀释成500ml，取50ml溶解0.5g琼脂糖，电炉上煮至沸腾，溶化的琼脂物冷却至60℃左右时加入10mg/ml EB 5ul，充分混匀，将温热的凝胶倒入已置好梳子的电泳板中，在室温下放置45min左右后进行电泳。
（3）溴化乙锭（EB）（10mg/ml）：
在20ml水中加入0.2g溴化乙锭，磁力搅拌数小时。然后用铝箔包裹容器或将溶液转移至棕色瓶中，室温保存。
（4）加样缓冲液（Loading Buffer）一般为6×Loading Buffer
二，电泳鉴定时注意事项：
佩戴一次性手套，避免皮肤接触EB。无路做胶还是电泳缓冲液尽量用新的，不要超过两周。
五， 电泳步骤
1， 50×TAE取10ml稀释成500ml，取50ml溶解0.5g琼脂糖。电炉上煮沸后加入EB 5ul。另外450ml TAE倒入电泳槽中。
9， 用透明胶封闭电泳板，琼脂糖溶液冷却至温热时，倒入带梳子的电泳板中，冷却后，拔出梳子，放入电泳槽中。
10， 加样：PCR Marker：1ul Marker＋1ul Loading Buffer＋4ul TAE混匀于塑料膜上，加入孔中。PCR样品：5ul 样品DNA＋1ul Loading Buffer 混匀后依次加入孔中。
11， 接上电源，电压120V，电流50mA进行电泳。
12， 电泳约1小时后，紫外灯检测。
