【原创】请教高手，我的这种设计不同种属的同源基因引物的方法是否正确？
丁香园论坛
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因为要做PCR了，但不会设计引物，今天下午在DXY和Pubmed上乱看了一下午，把自己的疑惑写出来，向大家请教。
遇到的问题：在引物设计时，找不到需要物种基因的序列，或者想能否设计一个引物，能够在不同物种之间共用（考虑到同源性的存在）。
如果能够实现，就一方面可以通过其他物种的信息设计自己需要的引物，另外，也可以合成一个引物在多种细胞动物模型上通用，减少开支。
以我下午具体的例子为例：
我需要大鼠、小鼠和人的mitofusin2基因的primer，但是如果全部分开设计，既麻烦而且贵，能否一个引物就搞定了哪？
因为我最想要大鼠的，所以我就首先查大鼠mitofusin2基因的信息：
在NCBI entrez gene的页面下输入：mitofusin2
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez
出来很多基因信息，我选择第12的一条，是Rattus norvegicus(大鼠的），然后点开。
在新页面中查看到 Homology 一项：
Homologs of the Mfn2 gene The Mfn2 gene is conserved in human, chimpanzee, dog, mouse, chicken, zebrafish, fruit fly, mosquito, and C.elegans.
Map Viewer (Human, Mouse)
点击：Homologs of the Mfn2 gene ，这个有下划线的字，进入下面该基因的同源序列页面，也就是说该页面上的基因，理论上，应该在人，小鼠，大鼠中具有同源性，根据这个序列设计的引物应该可以在三种物种中通用。
点开第一个基因：MFN2, Homo sapiens，看到General gene information下面的Markers，点开第一个：G19936(e-PCR)
Links: UniSTS:17435
这是PCR的引物，进入其引物页面：
UniSTS:17435 Links
G19936
Homo sapiens chromosome 1, locus MFN2
Pan troglodytes chromosome 1, locus MFN2
Found by e-PCR in sequences from Homo sapiens, Pan troglodytes, Pongo abelii and Rattus norvegicus.
Primer Information
Forward primer: ATACATCACCTTAAATACATCAG
Reverse primer: TTAAATTTATACCACTGAGGG
PCR product size: 154 (bp), Homo sapiens
GenBank Accession: G19936
这里有现成的设计好的引物，而且有说明该引物适合于哪些物种，这里说道还适合大鼠的，但是没有说适合小鼠的。反正就是根据这种方法，改变前面选的不同的基因和后面不同的pcr，应该可以找到适合不同种属的引物。
这里还可以清楚的看到，三种种属该基因的同源序列：
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/mapview/maps.cgi?taxid=10116&chr=5&MAPS=genes-r-org/human-chr/rat%3A5,genes-r-org/mouse-chr/rat%3A5,genes-r-org/rat-chr5&query=e%3A64476[egene_id]+AND+gene[obj_type]&QSTR=mfn2&cmd=focus&fill=10
所以想请教大家一下，这个方法是否正确，是否可行。
谢谢！
遇到的问题：在引物设计时，找不到需要物种基因的序列，或者想能否设计一个引物，能够在不同物种之间共用（考虑到同源性的存在）。
如果能够实现，就一方面可以通过其他物种的信息设计自己需要的引物，另外，也可以合成一个引物在多种细胞动物模型上通用，减少开支。
以我下午具体的例子为例：
我需要大鼠、小鼠和人的mitofusin2基因的primer，但是如果全部分开设计，既麻烦而且贵，能否一个引物就搞定了哪？
因为我最想要大鼠的，所以我就首先查大鼠mitofusin2基因的信息：
在NCBI entrez gene的页面下输入：mitofusin2
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez
出来很多基因信息，我选择第12的一条，是Rattus norvegicus(大鼠的），然后点开。
在新页面中查看到 Homology 一项：
Homologs of the Mfn2 gene The Mfn2 gene is conserved in human, chimpanzee, dog, mouse, chicken, zebrafish, fruit fly, mosquito, and C.elegans.
Map Viewer (Human, Mouse)
点击：Homologs of the Mfn2 gene ，这个有下划线的字，进入下面该基因的同源序列页面，也就是说该页面上的基因，理论上，应该在人，小鼠，大鼠中具有同源性，根据这个序列设计的引物应该可以在三种物种中通用。
点开第一个基因：MFN2, Homo sapiens，看到General gene information下面的Markers，点开第一个：G19936(e-PCR)
Links: UniSTS:17435
这是PCR的引物，进入其引物页面：
UniSTS:17435 Links
G19936
Homo sapiens chromosome 1, locus MFN2
Pan troglodytes chromosome 1, locus MFN2
Found by e-PCR in sequences from Homo sapiens, Pan troglodytes, Pongo abelii and Rattus norvegicus.
Primer Information
Forward primer: ATACATCACCTTAAATACATCAG
Reverse primer: TTAAATTTATACCACTGAGGG
PCR product size: 154 (bp), Homo sapiens
GenBank Accession: G19936
这里有现成的设计好的引物，而且有说明该引物适合于哪些物种，这里说道还适合大鼠的，但是没有说适合小鼠的。反正就是根据这种方法，改变前面选的不同的基因和后面不同的pcr，应该可以找到适合不同种属的引物。
这里还可以清楚的看到，三种种属该基因的同源序列：
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/mapview/maps.cgi?taxid=10116&chr=5&MAPS=genes-r-org/human-chr/rat%3A5,genes-r-org/mouse-chr/rat%3A5,genes-r-org/rat-chr5&query=e%3A64476[egene_id]+AND+gene[obj_type]&QSTR=mfn2&cmd=focus&fill=10
所以想请教大家一下，这个方法是否正确，是否可行。
谢谢！
