如何确定蛋白是否正确折叠

最近在做一个小分子多肽（4KD，含4个二硫键），采用的是构建到pet32a(含trx标签)，然后BL21(DE3),37℃诱导5h得到融合蛋白（大约22KD）。现在遇到了以下问题

1、融合蛋白过分子筛峰（superdex200柱）很宽（5ml以上了），而且量少的时候发现其实是两个峰(一个14ml左右，一个17左右)重叠在一起了，所以导致峰宽。洗镍柱的咪唑用到了100mM，也并没有改善，两个峰几乎等比降低，低温诱导也是一样的。取两个峰跑胶，发现后面那个峰和前面峰条带几乎一样，只是多了一条分子量低了3-4KD的带（带相对来说较浅），想请问一下这两个峰是否是由于二硫键的不同折叠状态导致的？如果是的话，如何判断哪个峰才是正确折叠的呢？以及如何改善这种情况？

2、蛋白二硫键不正确折叠会影响后续其与另一个蛋白的结合吗？