[合集] 蛋白质质功能预测 [转载]
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987
[合集] 蛋白质质功能预测 [转载]
发信人: palomino (~快马加鞭~), 信区: Bioinformatics
标 题: [合集]蛋白质质功能预测
发信站: 北大未名站 (2003年06月12日02:41:51 星期四), 转信
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作者 kingsyl (智者不惑,勇者不惧), 信区: Bioinformatics
标题 蛋白质质功能预测
时间 北大未名站 (2003年06月06日10:09:54 星期五), 站内信件
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Global protein function prediction from protein-protein interaction
network
Alexei Vazquez et al
Nature Biotechnology Vol 21, JUNE 2003, 697--700
摘要：
指定蛋白质功能是后基因组时代最有挑战性的问题之一。由于可以得到全基因组的信 息和高通量检测gene coexpression patterns,这两个因素已经使研究焦点从研究单个蛋 白质或者小的复合物转移到对整个蛋白质组的研究。在这篇文章里面，可以信赖的指定蛋白质功能的搜索方法是最重要的。已经有各种推测未知蛋白质功能的方法：Using information derived from sequence similarity or clustering patterns of coregulated genes, phylogenetic profiles , protein-protein interaction, protein complexes. 这里我们基于蛋白质的物理作用网络来指定蛋白质功能。
主要是通过最小化在不同的功能分类里面的蛋白相互作用数来产生物理相互作用网络。功能的指 定是蛋白组尺度上的，而且是由全局的蛋白相互作用网络的联通模式(global connectivity pattern)决定的。该方法导致多重功能指定，一个的多重等价的解决方案 的存在的结果。我们应用这个方法分析了yeast,(Saccharomyces cerevisiae)蛋白相互 作用网络。 这个方法的鲁棒性(robustness)在一个包含高比例的未分类的蛋白并且假设特殊蛋白相互作用的删除和插入的系统里面得到检验。
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作者 chevalier (土土游侠◎挖坑灌水，无非妙道), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 蛋白质质功能预测
时间 北大未名站 (2003年06月06日10:40:51 星期五), 转信
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这个中文翻译得....好艰深.... 读不懂...
北大得能拿nature系列刊得全文么?
从p-p interaction networks推知protein function得方法已经不少
最近中科院得RunSheng Chen组还发了一片Nucleic A R,也是这方面得.
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作者 kingsyl (智者不惑,勇者不惧), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 蛋白质质功能预测
时间 北大未名站 (2003年06月06日11:18:45 星期五), 站内信件
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哈哈 , 的确是不太通顺。
能拿到全文吧
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作者 chevalier (土土游侠◎挖坑灌水，无非妙道), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 蛋白质质功能预测
时间 北大未名站 (2003年06月06日12:09:42 星期五), 转信
───────────────────────────────────────
阿??
我们怎么不可以阿 ft
NATURE BIOTECH ,GENETIC 这些都拿不到阿...
nature.calis.edu.cn 这个是在北大么?
对不起！您没有权利浏览或下载这篇文章的全文。
...............
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作者 lylover (石之轩), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 蛋白质质功能预测
时间 北大未名站 (2003年06月06日13:01:20 星期五), 转信
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好文章，我死缓。看看。。。
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作者 chevalier (土土游侠◎挖坑灌水，无非妙道), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 蛋白质质功能预测
时间 北大未名站 (2003年06月06日16:00:04 星期五), 转信
───────────────────────────────────────
thx你.
ft一下情话图书馆的.
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作者 tonydudu (xanadu), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 蛋白质质功能预测
时间 北大未名站 (2003年06月06日16:05:24 星期五), 转信
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calis上面说你们买了的啊
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作者 chevalier (土土游侠◎挖坑灌水，无非妙道), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 蛋白质质功能预测
时间 北大未名站 (2003年06月06日16:14:06 星期五), 转信
───────────────────────────────────────
恩
说买了nature周刊和其他四种月刊.
genetics和biotech都没在这四种里面.
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作者 tonydudu (xanadu), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 蛋白质质功能预测
时间 北大未名站 (2003年06月06日16:26:01 星期五), 转信
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我们没有买都可以用 ^Q^
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作者 chevalier (土土游侠◎挖坑灌水，无非妙道), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 蛋白质质功能预测
时间 北大未名站 (2003年06月06日17:47:20 星期五), 转信
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..............
受不了了
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作者 biojs (成名之前的悲惨遭遇), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 蛋白质质功能预测
时间 北大未名站 (2003年06月07日02:05:23 星期六) , 站内信件
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lylover不愧是数据挖掘的牛哥,在我这儿是无法找的.
这几天来因为烂人的恐怖政策(唉,以泪洗面啊),每天只能匆匆scan, 但愿大家在明主手
下干事. 建议大家在select boss or tutor,不仅要考察其学术,更重要的是其人品, 千?
不要被落入压制发展的烂人手里.
特此道歉,以下分析以弥补(大家不妨象kingsyl一样,有好东西,共享一下):
个人以为该文章类似于图论思想(与kingsyl半月前的那篇相似):
1.先搞定蛋白相互作用网络(即图),蛋白质是图的顶点(Figure.1的矩形筐),蛋白质之间的相 互作用关系是边( 各个矩形筐的连线). 白框是classified protein(已知功能的protein) ,gray框是uncla ssified protein (即未知的待研究对象).
简言之,利用蛋白网络图,基于已知功能的protein来寻找未知protein的功能.
算法优化也类似于图论的路径费用最小化的原则. 就是根据page3右下角的公式(1)让其最?化.
J是邻接矩阵,if i与j相连,则a[i][j]=1,else a[i][j]=0; datl(the discrete datl fun
ction )是 冲击函数(学过信号与系统知道),h是该protein具有partners的个数.
最后,废话一堆,说对E寻优时,用simulated annealing(模拟退火), 剩下的就是模拟退火最basic的原理啦.
注:模拟退火与Monte Carlo不同之处在于模拟退火考虑了温度变化.
个人感觉: 1.the paper 不该说完了这个算法多么多么牛后,才suddenly 出现method.头尾倒置.
2.句子读起来让人吐血,把一个easy的problem写的让人恐怖. 不知里面句子可否标准?
3.令我好奇的是,一个protein可以与F个partner结合. 那不是一个ligand可以有多个receptors.
那怎么保证免疫蛋白,酶的特异性?
疑问:既然这副蛋白质作用网络图包含unknown proteins,怎么又能得到这么网络清楚的图?
大家讨论一下吧? 谁能说出the paper 的创新处?
~undefined~E又am2:00,又要爬墙了. 各位哥们,see you tomorrow moring
对了,lylover能否说说找paper的good methods
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作者 lylover (石之轩), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 蛋白质质功能预测
时间 北大未名站 (2003年06月07日03:09:01 星期六), 转信
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你就会拿我开涮。唉，怎么好几天也不过来了？老板回来了，大概呆
一个月。
你怎么搞得跟坐牢似的。“又要爬墙了”？呵呵。
这篇文章我刚才看了一会儿，看的很郁闷，这才下来跑这里灌水。
首先是：budding yeast里面的蛋白-蛋白的相互作用被发现的，不是
很多。5，800orf,才8，000多interaction，这也敢叫integration?
这个算法，感觉很猥琐：figure 1给出12个亚功能，然后就开始推了，
而且，居然还能得出比较炫的统计图，虽然我不知道他在说什么。。。
1.the paper 不该说完了这个算法多么多么牛后,才suddenly 出现
method.头尾倒置.
很多文章都是这样安排的，把实验部分放在最后。当然了，想在nature
上灌水，你不吹自己，怎有前途？所以说：做一个科学家，嘛，吹功
还是要修炼的。当然，我资质太差，练不成了，哈！
2.句子读起来让人吐血,把一个easy的problem写的让人恐怖. 不知里面句子可否标准?
正常，正因为这个问题简单，所以你要是不把它写的难一点，nature
怎么会要？但是，我要请各位注意一下：做科学应该是不分高低难易
的，重要的，是要解决问题，无论这个问题，是难，还是易。
呵呵，看别人做出来的东西，总觉得简单无比，自己做的时候，就不
是那般滋味了。不过我在想，这篇文章如果是我来写，不知道能不能
发《china bulletin》？哈哈！如果署名改成我的话，开玩笑。
3.令我好奇的是,一个protein可以与F个partner结合. 那不是一个ligand可以有多
个receptors.
这个问题倒是正常现象。p53可以和几十个蛋白质相互作用，只是不在
一个地方而已。特异性是有的，决定因素倒是比较含糊，有的说是
motif，有的说空间结构。非特异性也是大量存在的。呵呵
主手
千万
的相
cla
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作者 lylover (石之轩), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 蛋白质质功能预测
时间 北大未名站 (2003年06月07日04:26:16 星期六) , 站内信件
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that's the REQUIRED format of papers on nature , nature genetics, nature biotech
...
::.
:
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作者 kingsyl (智者不惑,勇者不惧), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 蛋白质质功能预测
时间 北大未名站 (2003年06月07日10:56:12 星期六), 站内信件
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對於第3 ?問題,我建議你看看相關文獻就不
发信人: palomino (~快马加鞭~), 信区: Bioinformatics
标 题: [合集]蛋白质质功能预测
发信站: 北大未名站 (2003年06月12日02:41:51 星期四), 转信
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作者 kingsyl (智者不惑,勇者不惧), 信区: Bioinformatics
标题 蛋白质质功能预测
时间 北大未名站 (2003年06月06日10:09:54 星期五), 站内信件
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Global protein function prediction from protein-protein interaction
network
Alexei Vazquez et al
Nature Biotechnology Vol 21, JUNE 2003, 697--700
摘要：
指定蛋白质功能是后基因组时代最有挑战性的问题之一。由于可以得到全基因组的信 息和高通量检测gene coexpression patterns,这两个因素已经使研究焦点从研究单个蛋 白质或者小的复合物转移到对整个蛋白质组的研究。在这篇文章里面，可以信赖的指定蛋白质功能的搜索方法是最重要的。已经有各种推测未知蛋白质功能的方法：Using information derived from sequence similarity or clustering patterns of coregulated genes, phylogenetic profiles , protein-protein interaction, protein complexes. 这里我们基于蛋白质的物理作用网络来指定蛋白质功能。
主要是通过最小化在不同的功能分类里面的蛋白相互作用数来产生物理相互作用网络。功能的指 定是蛋白组尺度上的，而且是由全局的蛋白相互作用网络的联通模式(global connectivity pattern)决定的。该方法导致多重功能指定，一个的多重等价的解决方案 的存在的结果。我们应用这个方法分析了yeast,(Saccharomyces cerevisiae)蛋白相互 作用网络。 这个方法的鲁棒性(robustness)在一个包含高比例的未分类的蛋白并且假设特殊蛋白相互作用的删除和插入的系统里面得到检验。
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作者 chevalier (土土游侠◎挖坑灌水，无非妙道), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 蛋白质质功能预测
时间 北大未名站 (2003年06月06日10:40:51 星期五), 转信
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这个中文翻译得....好艰深.... 读不懂...
北大得能拿nature系列刊得全文么?
从p-p interaction networks推知protein function得方法已经不少
最近中科院得RunSheng Chen组还发了一片Nucleic A R,也是这方面得.
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作者 kingsyl (智者不惑,勇者不惧), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 蛋白质质功能预测
时间 北大未名站 (2003年06月06日11:18:45 星期五), 站内信件
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哈哈 , 的确是不太通顺。
能拿到全文吧
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作者 chevalier (土土游侠◎挖坑灌水，无非妙道), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 蛋白质质功能预测
时间 北大未名站 (2003年06月06日12:09:42 星期五), 转信
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阿??
我们怎么不可以阿 ft
NATURE BIOTECH ,GENETIC 这些都拿不到阿...
nature.calis.edu.cn 这个是在北大么?
对不起！您没有权利浏览或下载这篇文章的全文。
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作者 lylover (石之轩), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 蛋白质质功能预测
时间 北大未名站 (2003年06月06日13:01:20 星期五), 转信
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好文章，我死缓。看看。。。
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作者 chevalier (土土游侠◎挖坑灌水，无非妙道), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 蛋白质质功能预测
时间 北大未名站 (2003年06月06日16:00:04 星期五), 转信
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thx你.
ft一下情话图书馆的.
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作者 tonydudu (xanadu), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 蛋白质质功能预测
时间 北大未名站 (2003年06月06日16:05:24 星期五), 转信
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calis上面说你们买了的啊
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作者 chevalier (土土游侠◎挖坑灌水，无非妙道), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 蛋白质质功能预测
时间 北大未名站 (2003年06月06日16:14:06 星期五), 转信
───────────────────────────────────────
恩
说买了nature周刊和其他四种月刊.
genetics和biotech都没在这四种里面.
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作者 tonydudu (xanadu), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 蛋白质质功能预测
时间 北大未名站 (2003年06月06日16:26:01 星期五), 转信
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我们没有买都可以用 ^Q^
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作者 chevalier (土土游侠◎挖坑灌水，无非妙道), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 蛋白质质功能预测
时间 北大未名站 (2003年06月06日17:47:20 星期五), 转信
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受不了了
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作者 biojs (成名之前的悲惨遭遇), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 蛋白质质功能预测
时间 北大未名站 (2003年06月07日02:05:23 星期六) , 站内信件
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lylover不愧是数据挖掘的牛哥,在我这儿是无法找的.
这几天来因为烂人的恐怖政策(唉,以泪洗面啊),每天只能匆匆scan, 但愿大家在明主手
下干事. 建议大家在select boss or tutor,不仅要考察其学术,更重要的是其人品, 千?
不要被落入压制发展的烂人手里.
特此道歉,以下分析以弥补(大家不妨象kingsyl一样,有好东西,共享一下):
个人以为该文章类似于图论思想(与kingsyl半月前的那篇相似):
1.先搞定蛋白相互作用网络(即图),蛋白质是图的顶点(Figure.1的矩形筐),蛋白质之间的相 互作用关系是边( 各个矩形筐的连线). 白框是classified protein(已知功能的protein) ,gray框是uncla ssified protein (即未知的待研究对象).
简言之,利用蛋白网络图,基于已知功能的protein来寻找未知protein的功能.
算法优化也类似于图论的路径费用最小化的原则. 就是根据page3右下角的公式(1)让其最?化.
J是邻接矩阵,if i与j相连,则a[i][j]=1,else a[i][j]=0; datl(the discrete datl fun
ction )是 冲击函数(学过信号与系统知道),h是该protein具有partners的个数.
最后,废话一堆,说对E寻优时,用simulated annealing(模拟退火), 剩下的就是模拟退火最basic的原理啦.
注:模拟退火与Monte Carlo不同之处在于模拟退火考虑了温度变化.
个人感觉: 1.the paper 不该说完了这个算法多么多么牛后,才suddenly 出现method.头尾倒置.
2.句子读起来让人吐血,把一个easy的problem写的让人恐怖. 不知里面句子可否标准?
3.令我好奇的是,一个protein可以与F个partner结合. 那不是一个ligand可以有多个receptors.
那怎么保证免疫蛋白,酶的特异性?
疑问:既然这副蛋白质作用网络图包含unknown proteins,怎么又能得到这么网络清楚的图?
大家讨论一下吧? 谁能说出the paper 的创新处?
~undefined~E又am2:00,又要爬墙了. 各位哥们,see you tomorrow moring
对了,lylover能否说说找paper的good methods
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作者 lylover (石之轩), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 蛋白质质功能预测
时间 北大未名站 (2003年06月07日03:09:01 星期六), 转信
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你就会拿我开涮。唉，怎么好几天也不过来了？老板回来了，大概呆
一个月。
你怎么搞得跟坐牢似的。“又要爬墙了”？呵呵。
这篇文章我刚才看了一会儿，看的很郁闷，这才下来跑这里灌水。
首先是：budding yeast里面的蛋白-蛋白的相互作用被发现的，不是
很多。5，800orf,才8，000多interaction，这也敢叫integration?
这个算法，感觉很猥琐：figure 1给出12个亚功能，然后就开始推了，
而且，居然还能得出比较炫的统计图，虽然我不知道他在说什么。。。
1.the paper 不该说完了这个算法多么多么牛后,才suddenly 出现
method.头尾倒置.
很多文章都是这样安排的，把实验部分放在最后。当然了，想在nature
上灌水，你不吹自己，怎有前途？所以说：做一个科学家，嘛，吹功
还是要修炼的。当然，我资质太差，练不成了，哈！
2.句子读起来让人吐血,把一个easy的problem写的让人恐怖. 不知里面句子可否标准?
正常，正因为这个问题简单，所以你要是不把它写的难一点，nature
怎么会要？但是，我要请各位注意一下：做科学应该是不分高低难易
的，重要的，是要解决问题，无论这个问题，是难，还是易。
呵呵，看别人做出来的东西，总觉得简单无比，自己做的时候，就不
是那般滋味了。不过我在想，这篇文章如果是我来写，不知道能不能
发《china bulletin》？哈哈！如果署名改成我的话，开玩笑。
3.令我好奇的是,一个protein可以与F个partner结合. 那不是一个ligand可以有多
个receptors.
这个问题倒是正常现象。p53可以和几十个蛋白质相互作用，只是不在
一个地方而已。特异性是有的，决定因素倒是比较含糊，有的说是
motif，有的说空间结构。非特异性也是大量存在的。呵呵
主手
千万
的相
cla
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作者 lylover (石之轩), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 蛋白质质功能预测
时间 北大未名站 (2003年06月07日04:26:16 星期六) , 站内信件
───────────────────────────────────────
that's the REQUIRED format of papers on nature , nature genetics, nature biotech
...
::.
:
───────────────────────────────────────
作者 kingsyl (智者不惑,勇者不惧), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 蛋白质质功能预测
时间 北大未名站 (2003年06月07日10:56:12 星期六), 站内信件
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對於第3 ?問題,我建議你看看相關文獻就不
