[合集]请教：如何进行blast比对？[转载]

[合集]请教：如何进行blast比对？[转载]

发信人: palomino (~快马加鞭~), 信区: Bioinformatics
标 题: [合集]请教：如何进行blast比对？
发信站: 北大未名站 (2003年06月12日02:43:32 星期四), 转信

───────────────────────────────────────
作者 lylover (石之轩), 信区: Bioinformatics
标题 请教：如何进行blast比对？
时间 北大未名站 (2003年06月07日03:12:19 星期六), 转信
───────────────────────────────────────
呵呵，我的问题是：
你拿到一个人的蛋白序列，然后你下载的数据库是nr，怎么能在nr里
用blastp只比较人的蛋白序列，而不比较其他的？
是不是toxonomy里面下什么GI的表？然后怎么用啊？我都看了一晚上
还是不懂，ft to death.

───────────────────────────────────────
作者 phoenix (不死鸟~~复活), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 请教：如何进行blast比对？
时间 北大未名站 (2003年06月07日10:49:47 星期六), 转信
───────────────────────────────────────
我所能够想到的是： 把nr里面所有的来自人的序列抽出来，单独
作一个字库，然后formatdb，然后blastp。。。
另外，或者网站有已经配好的功能？

───────────────────────────────────────
作者 phoenix (不死鸟~~复活), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 请教：如何进行blast比对？
时间 北大未名站 (2003年06月07日10:50:52 星期六), 转信
───────────────────────────────────────
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/seq/page.cgi?F=HsBlast.html&&ORG=Hs

http://blast.cbi.pku.edu.cn/blast_human.html

───────────────────────────────────────
作者 Feynman (将错就错), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 请教：如何进行blast比对？
时间 北大未名站 (2003年06月07日12:30:04 星期六), 转信
───────────────────────────────────────
不是有现成的Human的nr库嘛

───────────────────────────────────────
作者 lylover (石之轩), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 请教：如何进行blast比对？
时间 北大未名站 (2003年06月08日01:45:57 星期天), 转信
───────────────────────────────────────
谁说的？那里有？nr库有，不过又不是只是人的，而是一坨很多种的
蛋白序列的。。。
不是有现成的Human的nr库嘛

───────────────────────────────────────
作者 lylover (石之轩), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 请教：如何进行blast比对？
时间 北大未名站 (2003年06月08日01:59:48 星期天), 转信
───────────────────────────────────────
有问题，第一个是human的genome，这个我有的。第二个是cbi的，
嗯，我在找呢，不过不知道有没有人的ests库
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/seq/page.cgi?F=HsBlast.html&&ORG=Hs

http://blast.cbi.pku.edu.cn/blast_human.html

───────────────────────────────────────
作者 lylover (石之轩), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 请教：如何进行blast比对？
时间 北大未名站 (2003年06月08日02:03:05 星期天), 转信
───────────────────────────────────────
网站上的确有这样的，比如说swissprot，你就可以选在什么种里去
比对，不过这样太慢，又不是自动。怎样在本地机子上实现呢？

───────────────────────────────────────
作者 Feynman (将错就错), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 请教：如何进行blast比对？
时间 北大未名站 (2003年06月08日14:06:32 星期天), 转信
───────────────────────────────────────
EMBL就有！

───────────────────────────────────────
作者 phoenix (不死鸟~~复活), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 请教：如何进行blast比对？
时间 北大未名站 (2003年06月08日14:10:09 星期天), 转信
───────────────────────────────────────
啊？不会吧？请给予明示……

───────────────────────────────────────
作者 Feynman (将错就错), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 请教：如何进行blast比对？
时间 北大未名站 (2003年06月08日14:26:39 星期天), 转信
───────────────────────────────────────
呵呵，等等啊，容我从收藏夹里慢慢找，呵呵

太乱了，好几百个链接，有机会一定要好好整理

───────────────────────────────────────
作者 Feynman (将错就错), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 请教：如何进行blast比对？
时间 北大未名站 (2003年06月09日23:30:37 星期一), 转信
───────────────────────────────────────
不好意思，我可能是弄错了。
我手头的是nr的human proteome，是从EBI下载的。
脸红ing。。。