【资源】关于差异蛋白发现和鉴定的三种方法
丁香园论坛
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一.液体蛋白芯片指纹图谱系统
液体蛋白芯片指纹图谱系统以MALDI TOF/TOF质谱系统为基础，把样品分离、质谱分析和生物信息学相结合，克服了2D电泳的缺点，为差异蛋白的发现提供了新的途径。
与普通蛋白质组学不同的是，临床蛋白组学研究的主要目标是寻找疾病相关的蛋白标志物。该方案简单、重复性强、通量高，分离低丰度蛋白效果尤其显著，充分适应临床蛋白质组学研究的要求。
[应用样品] 血清（人、小鼠）、细胞裂解液、尿液、组织等；
[应用范围] 肿瘤 呼吸疾病 乳腺癌 卵巢癌 呼吸衰竭 前列腺癌 哮喘 膀胱癌 肾癌 肺炎 白血病 流感 肺癌 鼻咽癌 心血管疾病 脑癌 心肌梗塞 结、直肠癌 肝癌 胰腺癌 胃癌 食道癌 高血压 神经精神病学 急性心力衰竭 忧郁症 传染病 精神分裂症 爱滋病 早老性痴呆 肺结核 巴金森氏症 病毒性肝炎 糖尿病 药物试验 恐高症 昏迷病人病因鉴定等。
可以进行如下科研：
1，差异蛋白的发现
患者或者健康对照的临床样品，如血清等，首先通过磁珠分离，去除样品中的高丰度蛋白和其它杂质，同时辅机低丰度蛋白。分离后得到的样品加入基质，混合后直接点在AnchorChip靶上，进行飞行时间质谱分析，得到所有蛋白的质谱图，得到所有蛋白的质谱图，通过软件比较患者和健康对照的差异表达蛋白，得到两者的特异质谱谱图，用于预测未知样品额度归属。
2，差异蛋白的鉴定
我们联合中国军事医学科学院等，采用MALDI在内的差异蛋白鉴定的多种技术手段，为您鉴定各种复杂性和难易不同的样品。
3，差异蛋白模型的建立
采用标准流程，通过对肽质量指纹图谱等质谱数据进行差异分析，寻找差异特征，采用包括人工神经网络等多种模型算法，从中选择一份较优的预测模型，然后根据应用的目的，提供针对科研领域和临床领域的不同验证方案，进行模型外部验证。
二. 双向电泳(Two-dimensional electrophoresis，2D)
双向电泳(Two-dimensional electrophoresis，2D)是研究蛋白质组学的一种经典有效方法。它可根据蛋白质的等电点和分子量在一块凝胶上能分离出几千种蛋白质，具体数值取决于蛋白质的等电点、表观分子量以及蛋白质的相对丰度，同时还能得到并且各种蛋白质的等电点，分子量和含量等的信息都能得到。此外，双向电泳能够按照根据蛋白质翻译后修饰的不同而对分离蛋白质进行分离。
DIGE是在传统2D的基础上，结合了多重荧光分析的方法，可在同一块凝胶上共同同时分离多个分别由不同荧光染料标记的样品，第一次的概念极大地提高了结果的准确性、可靠性和重复性。DIGE技术可检测到样品间小于10%的蛋白表达差异，统计学可信度达到95%以上。
三.LC－MS液质联用技术
[技术特点] 采用美国 Michrom MDLC/MS技术平台, 可实现复杂生物样品的液质联用快速分离和高灵敏度检测，用于补充替代蛋白质组学2D凝胶电泳分析。100%生物兼容，适用1-14 PH值范围样品纯化，特别适合于磷酸化肽等蛋白质分析研究以及低丰度蛋白的检测。
[应用范围] 蛋白质组学、药物研究、代谢产物的分析、药代动力学研究、天然产物分析、疾病诊断、代谢组学研究、食品和环境中有害物质分析
液体蛋白芯片指纹图谱系统以MALDI TOF/TOF质谱系统为基础，把样品分离、质谱分析和生物信息学相结合，克服了2D电泳的缺点，为差异蛋白的发现提供了新的途径。
与普通蛋白质组学不同的是，临床蛋白组学研究的主要目标是寻找疾病相关的蛋白标志物。该方案简单、重复性强、通量高，分离低丰度蛋白效果尤其显著，充分适应临床蛋白质组学研究的要求。
[应用样品] 血清（人、小鼠）、细胞裂解液、尿液、组织等；
[应用范围] 肿瘤 呼吸疾病 乳腺癌 卵巢癌 呼吸衰竭 前列腺癌 哮喘 膀胱癌 肾癌 肺炎 白血病 流感 肺癌 鼻咽癌 心血管疾病 脑癌 心肌梗塞 结、直肠癌 肝癌 胰腺癌 胃癌 食道癌 高血压 神经精神病学 急性心力衰竭 忧郁症 传染病 精神分裂症 爱滋病 早老性痴呆 肺结核 巴金森氏症 病毒性肝炎 糖尿病 药物试验 恐高症 昏迷病人病因鉴定等。
可以进行如下科研：
1，差异蛋白的发现
患者或者健康对照的临床样品，如血清等，首先通过磁珠分离，去除样品中的高丰度蛋白和其它杂质，同时辅机低丰度蛋白。分离后得到的样品加入基质，混合后直接点在AnchorChip靶上，进行飞行时间质谱分析，得到所有蛋白的质谱图，得到所有蛋白的质谱图，通过软件比较患者和健康对照的差异表达蛋白，得到两者的特异质谱谱图，用于预测未知样品额度归属。
2，差异蛋白的鉴定
我们联合中国军事医学科学院等，采用MALDI在内的差异蛋白鉴定的多种技术手段，为您鉴定各种复杂性和难易不同的样品。
3，差异蛋白模型的建立
采用标准流程，通过对肽质量指纹图谱等质谱数据进行差异分析，寻找差异特征，采用包括人工神经网络等多种模型算法，从中选择一份较优的预测模型，然后根据应用的目的，提供针对科研领域和临床领域的不同验证方案，进行模型外部验证。
二. 双向电泳(Two-dimensional electrophoresis，2D)
双向电泳(Two-dimensional electrophoresis，2D)是研究蛋白质组学的一种经典有效方法。它可根据蛋白质的等电点和分子量在一块凝胶上能分离出几千种蛋白质，具体数值取决于蛋白质的等电点、表观分子量以及蛋白质的相对丰度，同时还能得到并且各种蛋白质的等电点，分子量和含量等的信息都能得到。此外，双向电泳能够按照根据蛋白质翻译后修饰的不同而对分离蛋白质进行分离。
DIGE是在传统2D的基础上，结合了多重荧光分析的方法，可在同一块凝胶上共同同时分离多个分别由不同荧光染料标记的样品，第一次的概念极大地提高了结果的准确性、可靠性和重复性。DIGE技术可检测到样品间小于10%的蛋白表达差异，统计学可信度达到95%以上。
三.LC－MS液质联用技术
[技术特点] 采用美国 Michrom MDLC/MS技术平台, 可实现复杂生物样品的液质联用快速分离和高灵敏度检测，用于补充替代蛋白质组学2D凝胶电泳分析。100%生物兼容，适用1-14 PH值范围样品纯化，特别适合于磷酸化肽等蛋白质分析研究以及低丰度蛋白的检测。
[应用范围] 蛋白质组学、药物研究、代谢产物的分析、药代动力学研究、天然产物分析、疾病诊断、代谢组学研究、食品和环境中有害物质分析
