【原创】我的启动子分析方法
丁香园论坛
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前段时间在丁香园上查找关于启动子分析的文章，帖子很多，但感觉介绍得都不够详细，而且时间比较久远，对于新手来说不是很明白和清楚，小弟在此借花献佛，在各位前辈大能的基础上略加总结，希望对需要的人有所帮助。不当之处也请各位指正！ 注意事项 ： 如果你想问有没有什么捷径，能够既保证查找目的基因启动子区域快速、准确、而又简洁方便明了的话，请看本帖最后一页 不过看完请记得顶哦！
对于要分析的基因，我们需要搞清楚它的一些基本信息，第一步借助NCBI 上的Genbank查找目的基因5 端上游序列，在此以SEPT4/ARTS基因为例。
首先我们进入Genbank界面（ http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/ ）search SEPT4 /ARTS
搜索结果中第一个就是我们要的Homo sapiens目的基因，可以自己根据研究内容进行选择
点击进入就可以看到该基因非常详细的信息：可以找到该基因在染色体上的定位 Location : 17q22
近几年相关的研究文章 Related articles in PubMed 及它编码的四个mRNA和蛋白质
我们要找的是相应的DNA 序列，点击下图中的Genbank
找到相应的mRNA join(8737..8858,13841..14137,14506..14599,15038..15124 .....)及CDS join(8856..8858,13841..14137,14506..14599,15038..15124,...) 在下面对应的DNA序列中就可找到起始密码子ATG
为了不遗漏启动子序列选择 ATG 上游3000bp和下游1000bp的序列进行分析，也可以根据自己的情况决定。
后面将用UCSC 和DBTSS 查找相应目的基因片段
对于要分析的基因，我们需要搞清楚它的一些基本信息，第一步借助NCBI 上的Genbank查找目的基因5 端上游序列，在此以SEPT4/ARTS基因为例。
首先我们进入Genbank界面（ http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/ ）search SEPT4 /ARTS
搜索结果中第一个就是我们要的Homo sapiens目的基因，可以自己根据研究内容进行选择
点击进入就可以看到该基因非常详细的信息：可以找到该基因在染色体上的定位 Location : 17q22
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我们要找的是相应的DNA 序列，点击下图中的Genbank
找到相应的mRNA join(8737..8858,13841..14137,14506..14599,15038..15124 .....)及CDS join(8856..8858,13841..14137,14506..14599,15038..15124,...) 在下面对应的DNA序列中就可找到起始密码子ATG
为了不遗漏启动子序列选择 ATG 上游3000bp和下游1000bp的序列进行分析，也可以根据自己的情况决定。
后面将用UCSC 和DBTSS 查找相应目的基因片段
