【求助】有个关于启动子的概念,有没人能分辨清?
丁香园论坛
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请教一下,启动子区(-5kb~0kb)指的是mRNA的5'端上游5kb内,还是对应的DNA的sence strand的5'端(即编码mRNA的DNA链对应的那条链)?
如果是miRNA,假设pre-miRNA上游即(-5kb~0kb)区域是他的启动子区,那这个区域是pre-miRNA的5'端的(-5kb~0kb)吗?还是转录pre-miRNA对应的DNA的5'端?
在miRbase查到hsa-mir-140的pre-miRNA是16: 69966984-69967083 [+] ,则他的启动子区(-5kb~0kb)是16: 69961984-69966984 [+]吗?
如果是miRNA,假设pre-miRNA上游即(-5kb~0kb)区域是他的启动子区,那这个区域是pre-miRNA的5'端的(-5kb~0kb)吗?还是转录pre-miRNA对应的DNA的5'端?
在miRbase查到hsa-mir-140的pre-miRNA是16: 69966984-69967083 [+] ,则他的启动子区(-5kb~0kb)是16: 69961984-69966984 [+]吗?
一般情况下, 启动子是指一段位于结构基因5'端上游区的DNA序列,能活化RNA聚合酶,使之与模板DNA准确地相结合并具有转录起始的特异性,并不是指DNA中的某条链吧。
如果想找出正义链和反义链,可从mRNA的序列下手,与mRNA序列相同的DNA链叫编码链,又叫有义链,另一条即为模板链,也叫无义链。
如果想找出正义链和反义链,可从mRNA的序列下手,与mRNA序列相同的DNA链叫编码链,又叫有义链,另一条即为模板链,也叫无义链。
DNA双链反向互补,如果指5'端的话,我想两条链的5'端是相反的位置吧?
hsa-mir-29它的pre-miRNA是7: 130561506-130561569 [-] ,在负链上,如果找它的启动子区(假设启动子区在结构基因的上游-5kb~0),那启动子区是130561569-130566569还是130561506-130556506?
换言之hsa-mir-29是负链,miRbase上说它是负链是指转录hsa-mir-29的DNA链是位于染色体双链的负链吗?还是转录hsa-mir-29的链是正链,因为转录后与正链互补,所以miRbase标的是负链?
hsa-mir-29它的pre-miRNA是7: 130561506-130561569 [-] ,在负链上,如果找它的启动子区(假设启动子区在结构基因的上游-5kb~0),那启动子区是130561569-130566569还是130561506-130556506?
换言之hsa-mir-29是负链,miRbase上说它是负链是指转录hsa-mir-29的DNA链是位于染色体双链的负链吗?还是转录hsa-mir-29的链是正链,因为转录后与正链互补,所以miRbase标的是负链?
学习了,我也不明白.....
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