【求助】关于启动子的序列界定
丁香园论坛
4616
最近在查某个基因的启动子区CpG岛，发现一个问题：
在一个CpG finder的软件上，如果输入的是这个基因第一个外显子第一个碱基的上游序列，能反馈出一段CpG岛（虽然长度只有50多bp，这点也很奇怪，因为这个在线软件的CpG岛界定标准就是长度大于200bp）；如果输入的是这个基因第一个外显子序列内第一个出现的ATG序列的上游序列的话，软件又分析出一段除了前面那个CpG岛，一段更长的CpG岛。
所以，就有疑惑：启动子到底是指第一个外显子第一个碱基的上游序列，还是第一个外显子里的第一个ATG转录起始点上游的序列？
恳请各位指点！
在一个CpG finder的软件上，如果输入的是这个基因第一个外显子第一个碱基的上游序列，能反馈出一段CpG岛（虽然长度只有50多bp，这点也很奇怪，因为这个在线软件的CpG岛界定标准就是长度大于200bp）；如果输入的是这个基因第一个外显子序列内第一个出现的ATG序列的上游序列的话，软件又分析出一段除了前面那个CpG岛，一段更长的CpG岛。
所以，就有疑惑：启动子到底是指第一个外显子第一个碱基的上游序列，还是第一个外显子里的第一个ATG转录起始点上游的序列？
恳请各位指点！
启动子是RNA聚合酶识别结合的DNA序列，启动子2的区域是第一个外显子第一个碱基以前的上游序列；
第一个外显子里的第一个ATG转录起始点的上游序列是5‘非翻译区。
第一个外显子里的第一个ATG转录起始点的上游序列是5‘非翻译区。
lmnsmu wrote:
启动子是RNA聚合酶识别结合的DNA序列，启动子2的区域是第一个外显子第一个碱基以前的上游序列；
第一个外显子里的第一个ATG转录起始点的上游序列是5‘非翻译区。
原来如此，谢谢楼上答复！
版主woxingwosu留言:
不好意思，操作失误。敬请见谅。
不好意思，操作失误。敬请见谅。
其实我们说的启动子包括核心启动子和平时说的广泛的启动子，核心启动子就在TSS位点上游0-100BP左右，而光谱概念的启动子区大概在TSS位点上游2000BP左右，另外分析CPG岛的话一般可以分析到第一个外显子区域的
sunm_1988 wrote:
其实我们说的启动子包括核心启动子和平时说的广泛的启动子，核心启动子就在TSS位点上游0-100BP左右，而光谱概念的启动子区大概在TSS位点上游2000BP左右，另外分析CPG岛的话一般可以分析到第一个外显子区域的
哦，了解了，谢谢！
sunm_1988 wrote:
其实我们说的启动子包括核心启动子和平时说的广泛的启动子，核心启动子就在TSS位点上游0-100BP左右，而光谱概念的启动子区大概在TSS位点上游2000BP左右，另外分析CPG岛的话一般可以分析到第一个外显子区域的
不过为什么可以分析到第一个外显子区域？不是一般都是分析promoter区域的CpG岛么？
本文由丁香园论坛提供，想了解更多有用的、有意思的前沿资讯以及酷炫的实验方法的你，都可以成为师兄的好伙伴
师兄微信号：shixiongcoming
