【求助】变异位点检测
丁香园论坛
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老板想检测某个基因在癌组织与癌旁组织中是否有碱基突变，请问一下大家应该怎么做？
顶起来！
主要用PCR吧。
如果谨慎些，可以从宏观到微观选用方法，例如，宏观上看看有没有易位、缺失之类的片段变化可以用核型分析之类的手段，最后再研究是否有点突变，例如chip、pcr等。
还有很多新花招，FRET之类的，你查文献吧。
如果谨慎些，可以从宏观到微观选用方法，例如，宏观上看看有没有易位、缺失之类的片段变化可以用核型分析之类的手段，最后再研究是否有点突变，例如chip、pcr等。
还有很多新花招，FRET之类的，你查文献吧。
最简单的方法就是PCR扩增出这个片段，然后测序观察，直观明了。
yyyantopbt wrote:
最简单的方法就是PCR扩增出这个片段，然后测序观察，直观明了。
其实这个做起来并不简单。
因为突变并非发生在所有细胞中。
如果你取组织时，没有将癌旁，癌组织，正常组织区分开。
比如你取了一块组织，其中5－10%是突变的，其他都是正常的，那PCR后，一方面会由于正常DNA的数量多，扩增后会更加占优势（也许PCR产物中99.9%全是正常型的），那直接拿去测序，未必就能看到突变的碱基的峰。
可以考虑用抗体染色，然后用激光捕获目的细胞，再提DNA做PCR。或者用高通量测序。
zjubell wrote:
其实这个做起来并不简单。
因为突变并非发生在所有细胞中。
如果你取组织时，没有将癌旁，癌组织，正常组织区分开。
比如你取了一块组织，其中5－10%是突变的，其他都是正常的，那PCR后，一方面会由于正常DNA的数量多，扩增后会更加占优势（也许PCR产物中99.9%全是正常型的），那直接拿去测序，未必就能看到突变的碱基的峰。
可以考虑用抗体染色，然后用激光捕获目的细胞，再提DNA做PCR。或者用高通量测序。
这些考虑很有道理，不过，大部分的癌组织都是来自于单克隆。也就是说，假如该突变是引起癌变的原因，那么，它们的突变应该是一致的。
更深入，就应该到肿瘤版讨论了。当肿瘤恶性化以后，发生染色体不稳定，可能会发生再次突变，此时，癌组织细胞才开始有差异。
所以，如果做细了，恐怕首先要进行肿瘤分期。
dnazyme wrote:
这些考虑很有道理，不过，大部分的癌组织都是来自于单克隆。也就是说，假如该突变是引起癌变的原因，那么，它们的突变应该是一致的。
更深入，就应该到肿瘤版讨论了。当肿瘤恶性化以后，发生染色体不稳定，可能会发生再次突变，此时，癌组织细胞才开始有差异。
所以，如果做细了，恐怕首先要进行肿瘤分期。
很多肿瘤组织比较小，做手术时，很容易把癌旁和正常组织切进去的。
所以才有LCM这种工具。要区分是癌组织和癌旁，靠肉眼还真有难度。
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