【求助】哪些位点的何种修饰可启动Akt?急!
丁香园论坛
1370
因为只知道我们所做的营养因子可以激活胞内的Akt,另营养因子的跨膜受体已知,我需要寻找一个模块,此模块能启动Akt。我的问题是,哪些位点的何种修饰可启动Akt呢?在此模块中,因为我的跨膜受体胞内段不具备酶活性,是不是还需要寻找一种酶蛋白?
请推荐给我一些 关于 酶作用机理 的资料或电子书
先查查你的跨膜受体有没有PH domain, 因为AKT要想被激活,必须要靠该domain先转运到plasma membrane上,AKT自身有PH domain,该PH domain也和很过蛋白的PH domain相结合,因此如果你的跨膜受体有PH domain,则有可能是通过上述机理激活AKT的,AKT的激活机理现在已经比较清楚了,你可以查一下有关AKT的综述文章,特别推荐瑞士的Hemmings BA的相关文章,该人在AKT领域是全球范围内文章引用次数最多的科学家,实际上,是他/她开创了这一领域。下文该组发的一最新综述文章,希望对LZ有用。
Curr Opin Cell Biol. 2009 Apr;21(2):256-61. Epub 2009 Mar 19.
PIKKing on PKB: regulation of PKB activity by phosphorylation.
Bozulic L, Hemmings BA.
Friedrich Miescher Institute for Biomedical Research, Basel, Switzerland.
Curr Opin Cell Biol. 2009 Apr;21(2):256-61. Epub 2009 Mar 19.
PIKKing on PKB: regulation of PKB activity by phosphorylation.
Bozulic L, Hemmings BA.
Friedrich Miescher Institute for Biomedical Research, Basel, Switzerland.
谢谢,我用motif scan试了下,不论是跨膜蛋白还是它的链接分子都不存在PH结构域,是不是motif scan这个网页显示得过于简单,还是我不会读PH结构域?因为很多蛋白都有PH domain,不知道其保守区是哪一段。
预测domain/motif软件的可靠性很难说,LZ还可以试一试下面两种方法:
1。用Pleckstrin homology domain 或者PH domain and "your protein name", 用google/scholar来搜搜。
2。如果还找不到,再点击下面链接,是所有(很可能还完全)含有Pleckstrin homology-like domain的蛋白,如果还没有,则需考虑其它的激活机理。
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/cdd/cddsrv.cgi?ascbin=8&maxaln=10&seltype=2&uid=176418&query=MSINTTFDLSSPSVTSGHALTEQTQVVKEGWLMKRGEHIKNWRQRYFVLHSDGRLMGYRSKPADSASTPSDFLLNNFTVRGCQIMTVDRPKPFTFIIRGLQWTTVIERTFAVESELERQQWTEAIRNVSSRLIDVGEVAMTPSEQTDMTDVDMATIAEDELSEQFSVQGTTCNSSGVKKVTLENFEFLKVLGKGTFGKVILCREKATAKLYAIKILKKEVIIQKDEVAHTLTESRVLKSTNHPFLISLKYSFQTNDRLCFVMQYVNGGELFWHLSHERIFTEDRTRFYGAEIISALGYLHSQGIIYRDLKLENLLLDKDGHIKVADFGLCKEDITYGRTTKTFCGTPEYLAPEVLDDNDYGQAVDWWGTGVVMYEMICGRLPFYNRDHDVLFTLILVEEVKFPRNITDEAKNLLAGLLAKDPKKRLGGGKDDVKEIQAHPFFASINWTDLVLKKIPPPFKPQVTSDTDTRYFDKEFTGESVELTPPDPTGPLGSIAEEPLFPQFSYQGDMASTLGTSSHISTSTSLASMQ&aln=2,25,0,41,68,41,61
1。用Pleckstrin homology domain 或者PH domain and "your protein name", 用google/scholar来搜搜。
2。如果还找不到,再点击下面链接,是所有(很可能还完全)含有Pleckstrin homology-like domain的蛋白,如果还没有,则需考虑其它的激活机理。
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/cdd/cddsrv.cgi?ascbin=8&maxaln=10&seltype=2&uid=176418&query=MSINTTFDLSSPSVTSGHALTEQTQVVKEGWLMKRGEHIKNWRQRYFVLHSDGRLMGYRSKPADSASTPSDFLLNNFTVRGCQIMTVDRPKPFTFIIRGLQWTTVIERTFAVESELERQQWTEAIRNVSSRLIDVGEVAMTPSEQTDMTDVDMATIAEDELSEQFSVQGTTCNSSGVKKVTLENFEFLKVLGKGTFGKVILCREKATAKLYAIKILKKEVIIQKDEVAHTLTESRVLKSTNHPFLISLKYSFQTNDRLCFVMQYVNGGELFWHLSHERIFTEDRTRFYGAEIISALGYLHSQGIIYRDLKLENLLLDKDGHIKVADFGLCKEDITYGRTTKTFCGTPEYLAPEVLDDNDYGQAVDWWGTGVVMYEMICGRLPFYNRDHDVLFTLILVEEVKFPRNITDEAKNLLAGLLAKDPKKRLGGGKDDVKEIQAHPFFASINWTDLVLKKIPPPFKPQVTSDTDTRYFDKEFTGESVELTPPDPTGPLGSIAEEPLFPQFSYQGDMASTLGTSSHISTSTSLASMQ&aln=2,25,0,41,68,41,61
谢谢,这个PH区应该是属于PI3K/Akt模块中的一部份。可能是我没表达清楚。因此下面这个问题更重要:我们需要简单地了解下一个跨膜蛋白到Akt的信号路径,因为我们的实验已经表明此跨膜蛋白可以激活PI3K/Akt。现在的问题是,想知道这个路径中的模块,什么基团是作为酶亚基来激活PI3K/Akt的(这里不讨论PI3K到Akt的各基团的关系)。我们想目前应该有很多这样的酶亚基,希望能从这些酶亚基中找到一两个我们实验室可以进行研究的,现在的问题是:我不知道如何查找这样的酶亚基;请各位帮忙。
目前为止,我找到文献中只是提到,激活PI3K/Akt主要有2条路径: 一种是与具有磷酸化酪氨酸残基的生长因子受体和连接蛋白相互作用, 引起二聚体构象改变而被激活。 另一是ras和p110直接结合引起PI3K的活化。我想知道第一种的连接蛋白是什么
还没有人回帖!可能大家不是很清楚你的问题。我很想把你的问题搞定,但是我一般不看中文文献,因此也许我误解了你问题的意思,LZ能否英文再解释一下你的问题?
xiongye2006 wrote:
因为只知道我们所做的营养因子可以激活胞内的Akt,另营养因子的跨膜受体已知,我需要寻找一个模块,此模块能启动Akt。我的问题是,哪些位点的何种修饰可启动Akt呢?在此模块中,因为我的跨膜受体胞内段不具备酶活性,是不是还需要寻找一种酶蛋白?
有些没看明白
1. 这个营养因子是未知的? 还是已知的?
2. 这个营养因子和受体是2个东西?还是这个营养因子本身就是受体?
3. 这个启动修饰位点,是否指AKT的磷酸化后的活化?
1.营养因子是已知的2.营养因子的受体是我们最近发现的一个跨膜蛋白,暂且用XX表示,不是本身就是受体
3。我们想做的不是Akt磷化后的信号通路,而是xx到Akt之间的通路。这个通路是未知数(至少在我有限的知识背景里,我不清楚),希望在这个黑匣子中,预测一些模块。当我们激活XX时,这个带有酶的模块被激活,Akt也被激活。
3。我们想做的不是Akt磷化后的信号通路,而是xx到Akt之间的通路。这个通路是未知数(至少在我有限的知识背景里,我不清楚),希望在这个黑匣子中,预测一些模块。当我们激活XX时,这个带有酶的模块被激活,Akt也被激活。
anyway,谢谢大家。
AKT1
E17K Mutation
Constitutive active AKT
Reference: see attachement
E17K Mutation
Constitutive active AKT
Reference: see attachement
谢谢outlab
做个标记,学习中。。。
本文由丁香园论坛提供,想了解更多有用的、有意思的前沿资讯以及酷炫的实验方法的你,都可以成为师兄的好伙伴
师兄微信号:shixiongcoming