【求助】DNA甲基化研究的迷惑
丁香园论坛
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各位大大,本人想做DSPP基因在细胞分化前后的DNA甲基化状态的比较,有些困惑还望指教:
1.是否应该要做全基因(包括编码区和非编码区)的DNA,还是只做cDNA就可以
2.用哪种方法检测为好,个人考虑用重亚硫酸盐处理后行直接测序的方法,不知是否可行?
3.引物设计上有什么需要特别注意的?
小弟是新人,先在此谢谢各位大大不吝赐教了
1.是否应该要做全基因(包括编码区和非编码区)的DNA,还是只做cDNA就可以
2.用哪种方法检测为好,个人考虑用重亚硫酸盐处理后行直接测序的方法,不知是否可行?
3.引物设计上有什么需要特别注意的?
小弟是新人,先在此谢谢各位大大不吝赐教了
1.DNA甲基化研究的是转录水平对表达的影响,当然要用基因组DNA;一般先分析CpG岛的存在与否及位置,直接使用软件(http://www.cpgislands.com/)
2.亚硫酸盐是目前公认的方法
3.有专门的甲基化引物设计软件(http://www.urogene.org/methprimer/index1.html)
2.亚硫酸盐是目前公认的方法
3.有专门的甲基化引物设计软件(http://www.urogene.org/methprimer/index1.html)
谢谢啦,刚刚用楼上大大贡献的工具查了DSPP的基因组,没有CpG岛,是不是再做下去也没意义了?还有,如果P基因组,模板取样能不能用培养的细胞还是要用外周血样本啊?呵呵,问题可能有点小白啦
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