【求助】DNA甲基化研究的迷惑
丁香园论坛
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各位大大，本人想做DSPP基因在细胞分化前后的DNA甲基化状态的比较，有些困惑还望指教：
1.是否应该要做全基因（包括编码区和非编码区）的DNA，还是只做cDNA就可以
2.用哪种方法检测为好，个人考虑用重亚硫酸盐处理后行直接测序的方法，不知是否可行？
3.引物设计上有什么需要特别注意的？
小弟是新人，先在此谢谢各位大大不吝赐教了
1.是否应该要做全基因（包括编码区和非编码区）的DNA，还是只做cDNA就可以
2.用哪种方法检测为好，个人考虑用重亚硫酸盐处理后行直接测序的方法，不知是否可行？
3.引物设计上有什么需要特别注意的？
小弟是新人，先在此谢谢各位大大不吝赐教了
1.DNA甲基化研究的是转录水平对表达的影响，当然要用基因组DNA；一般先分析CpG岛的存在与否及位置，直接使用软件（http://www.cpgislands.com/）
2.亚硫酸盐是目前公认的方法
3.有专门的甲基化引物设计软件（http://www.urogene.org/methprimer/index1.html）
2.亚硫酸盐是目前公认的方法
3.有专门的甲基化引物设计软件（http://www.urogene.org/methprimer/index1.html）
谢谢啦，刚刚用楼上大大贡献的工具查了DSPP的基因组，没有CpG岛，是不是再做下去也没意义了？还有，如果P基因组，模板取样能不能用培养的细胞还是要用外周血样本啊？呵呵，问题可能有点小白啦
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