【求助】如何研究一个新的基因
丁香园论坛
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本人是新手,所以说得不专业的地方,敬请谅解!
别人建立了cDNA文库,通过对文库的分析,分析了一些新的基因,在数据库中没有发现其同源序列,他只通过RT-PCR确定了这几个新基因在某些组织中转录,就此推断了该基因具有的可能功能。
这些功能正好是我所想研究的,所以想研究这些基因。但是我所研究的鱼繁殖周期很长,全人工繁殖几乎还没有实现,而且没有卵子或精子给我做。请问各位前辈,具体我该怎么研究啊!!!敬请指导,十分感激!!!
别人建立了cDNA文库,通过对文库的分析,分析了一些新的基因,在数据库中没有发现其同源序列,他只通过RT-PCR确定了这几个新基因在某些组织中转录,就此推断了该基因具有的可能功能。
这些功能正好是我所想研究的,所以想研究这些基因。但是我所研究的鱼繁殖周期很长,全人工繁殖几乎还没有实现,而且没有卵子或精子给我做。请问各位前辈,具体我该怎么研究啊!!!敬请指导,十分感激!!!
你可否说的更仔细点,哪些功能正好是你所想研究的?
给你举些例子:
如附件中的pdf所示,Molecular cloning, characterization and expression analysis
of grass carp (Ctenopharyngodon idellus) NF45 (ILF2) cDNA,a subunit of the nuclear factor of activated T-cells (NF-AT)
就是一篇典型的研究新基因的文章。
首先就是分子克隆,利用race将全长cDNA给拉出来,分析CDS,exon的情况。然后翻译成的氨基酸。利用蛋白质预测网站或软件可以预测该蛋白的二级结构。然后可以blastp试一下,看他跟哪些蛋白的结构比较类似,同源的部分是否是一些功能的保守区。
这篇文章就是这样子,预测了它的功能,是一种增强因子,然后真核表达,通过下游的反馈信息验证它是否真的具有这个功能。
这篇文章其实没有做后续功能验证部分(或者说做的很浅,就做了部分最不靠谱的半定量)也就发了IF3的文章,如果你把后续的功能验证做的更好一点,完全能发一篇5以上的。不过后续功能验证并不容易做。克隆基因是比较容易的,但真核中未必会表达,即使表达,也未必就是单因素,直接能影响下游的蛋白表达。或者你没预测对它的功能,那还会有更多的东西需要做。然后就说明你克隆的这个基因毫无意义。
所以,希望你提供更详细的资料。
比如,这些基因,你认为是具有什么样的功能,为何你猜测它会具有这种功能,有什么依据。
我只提供思路,并不对研究方向和方法负责。
we have cloned and charac-terized the full-length cDNA of NF45 in grass carp (Ctenopharyngodon idellus). The grass carp NF45 cDNA of 1563 bp contains
a short 50UTR of 24 bp, a 30UTR of 375 bp and an open reading frame of 1164 bp coding for a protein of 387 aa with a predictedmolecular mass of 42.8 kDa. The encoded protein shares 86.3e96.7% identities to other homologues. RT-PCR was optimized toestimate the expression level of NF45 in grass carp. The results showed that NF45 is constitutively expressed in most selected tis-sues, including head kidney, spleen, heart, brain, liver, and gill, although low levels were observed in spleen, liver and gill. Theubiquitous expression of NF45 is consistent with a postulated role in gene regulation at the level of transcription. Stimulating
the fish with PHA significantly up-regulated the expression of NF45 in most tissues examined, which potentially indicated that NF45 was involved in the immune responses triggered by PHA.
给你举些例子:
如附件中的pdf所示,Molecular cloning, characterization and expression analysis
of grass carp (Ctenopharyngodon idellus) NF45 (ILF2) cDNA,a subunit of the nuclear factor of activated T-cells (NF-AT)
就是一篇典型的研究新基因的文章。
首先就是分子克隆,利用race将全长cDNA给拉出来,分析CDS,exon的情况。然后翻译成的氨基酸。利用蛋白质预测网站或软件可以预测该蛋白的二级结构。然后可以blastp试一下,看他跟哪些蛋白的结构比较类似,同源的部分是否是一些功能的保守区。
这篇文章就是这样子,预测了它的功能,是一种增强因子,然后真核表达,通过下游的反馈信息验证它是否真的具有这个功能。
这篇文章其实没有做后续功能验证部分(或者说做的很浅,就做了部分最不靠谱的半定量)也就发了IF3的文章,如果你把后续的功能验证做的更好一点,完全能发一篇5以上的。不过后续功能验证并不容易做。克隆基因是比较容易的,但真核中未必会表达,即使表达,也未必就是单因素,直接能影响下游的蛋白表达。或者你没预测对它的功能,那还会有更多的东西需要做。然后就说明你克隆的这个基因毫无意义。
所以,希望你提供更详细的资料。
比如,这些基因,你认为是具有什么样的功能,为何你猜测它会具有这种功能,有什么依据。
我只提供思路,并不对研究方向和方法负责。
we have cloned and charac-terized the full-length cDNA of NF45 in grass carp (Ctenopharyngodon idellus). The grass carp NF45 cDNA of 1563 bp contains
a short 50UTR of 24 bp, a 30UTR of 375 bp and an open reading frame of 1164 bp coding for a protein of 387 aa with a predictedmolecular mass of 42.8 kDa. The encoded protein shares 86.3e96.7% identities to other homologues. RT-PCR was optimized toestimate the expression level of NF45 in grass carp. The results showed that NF45 is constitutively expressed in most selected tis-sues, including head kidney, spleen, heart, brain, liver, and gill, although low levels were observed in spleen, liver and gill. Theubiquitous expression of NF45 is consistent with a postulated role in gene regulation at the level of transcription. Stimulating
the fish with PHA significantly up-regulated the expression of NF45 in most tissues examined, which potentially indicated that NF45 was involved in the immune responses triggered by PHA.
找找该基因在其他脊椎动物模型甚至酵母中的ortholog基因,如果有,查查以前报道过的那个ortholog基因的功能,然后据此推测你所找到的蛋白的功能。
十分感谢您对问题的回答!“我们还重点研究了7个未能在公共数据库中找到同源序列信息的新基因,结果发现,2个基因只在垂体和卵巢中特异性表达,2个基因只在垂体中特异表达,这些基因很有可能是与生殖和性腺分化有关的基因,进一步的研究将会揭示其具体的功能。”一篇博士论文上面的原话。我研究的正是性腺,而且它研究的物种正是我研究的。所以想看是否能研究这几个基因。
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师兄微信号:shixiongcoming