【求助】为避免脱靶效应 所设计的待筛选的3个siRundefined*段 能否组合成pool转染?
丁香园论坛
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我的目的基因是 人 rab23 约2000bp
请公司设计了3个siRundefined*段 位置分别在200 600 800处 本打算用来筛选出一个干涉效果好的片段
在复习文献中发现 单个片段可能因为脱靶效应 影响实验准确性
现在的问题是 能否用我现有的3个片段 组合成pool(三者各取三分之一的量组成一份)转染细胞?? 有无组合的原则??
请公司设计了3个siRundefined*段 位置分别在200 600 800处 本打算用来筛选出一个干涉效果好的片段
在复习文献中发现 单个片段可能因为脱靶效应 影响实验准确性
现在的问题是 能否用我现有的3个片段 组合成pool(三者各取三分之一的量组成一份)转染细胞?? 有无组合的原则??
一般不这样做。
单个片段可能因为脱靶效应而无干扰作用,所以才设计数个片段,通过预实验检测它们哪一个干涉效果好,再用于后续实验。
单个片段可能因为脱靶效应而无干扰作用,所以才设计数个片段,通过预实验检测它们哪一个干涉效果好,再用于后续实验。
如果三个oligo都能抑制目的基因的表达,且表型的变化趋势相同,可以初步排除脱靶的可能;
构建RNAi-resistant的过表达质粒,在抑制目的基因的同时过表达RNAi-resistant目的基因,看看因转染siRNA导致的异常表型可否回复正常。若有,则可以肯定,在你所研究的表型上,你所用到的siRNA不存在脱靶效应。
构建RNAi-resistant的过表达质粒,在抑制目的基因的同时过表达RNAi-resistant目的基因,看看因转染siRNA导致的异常表型可否回复正常。若有,则可以肯定,在你所研究的表型上,你所用到的siRNA不存在脱靶效应。
多谢三楼的建议 你设计的实验我大概看懂了 因为是实验新手 做不了那么深入
我想省略筛选这一步 能否直接做成siRNA pool用于实验?
一般siRNA pool 里面的几个siRundefined*段的选择 比例是否有特殊的要求?
我想省略筛选这一步 能否直接做成siRNA pool用于实验?
一般siRNA pool 里面的几个siRundefined*段的选择 比例是否有特殊的要求?
亦可以的,1比1比1比1比1比1比1...
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