【求助】如何利用文献的引物明确扩增序列的位置
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请问如何利用文献所提供的引物,来明确PCR扩增序列的位置,我利用Pubmed上的Blast,好像只能看到比对的结果是在哪一个染色体上,却不能知道扩增的序列是在哪一个外显子上,因此不能确定目标基因的SNP是否在扩增的序列上。
期待高手们的指点,非常感谢!!!:)
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我认为不应该与整个核酸库进行比对,你应该先找到你的目的基因序列,然后再用文献的引物去比对,确定扩增片段在那个区域。一点愚见,仅供参考。
你首先要通过Pubmed搜到目的基因的mRNA序列,此序列上会清楚地标识外显子的起始位置,然后利用Blast找到以引物对应的mRNA的位置即可。
zhuliangfang wrote:
你首先要通过Pubmed搜到目的基因的mRNA序列,此序列上会清楚地标识外显子的起始位置,然后利用Blast找到以引物对应的mRNA的位置即可。
弱问一下,楼主好像是要做的SNP,而SNP主要是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性。既然是检测的DNA序列多态性,好像不一定其PCR产物是来源于RNA经过RT后得来的吧?所以我认为楼上的说法不妥。并且如果是基因已知的话,这个就比较简单了,把mRNA放到primer5上,将引物匹配上去就清楚了。
个人观点,仅供参考!
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